Un premier poste militaire est établi à Kidal en 1908, par le commandant Bertix, puis, l'année suivante, le lieutenant Lanceron commence la construction du premier fort. Un fort plus important est érigé en 1917 et agrandi en 1930 ; il existe toujours.

Pendant longtemps, cette zone était interdite, du fait de la présence d'un bagne militaire[1]. Depuis la fin de la rébellion touarègue en 1995, et la mise en place d'une décentralisation, Kidal est redevenue la capitale de la région. De ce fait, Kidal connaît un essor très rapide, ce qui entraîne des problèmes d'équipements et de disponibilité de l'eau. En mai 2006, après des années de calme, une révolte s'organise, due au mécontentement causé par l'application des accords consécutifs aux rébellions des années 1990. Les forces touarègues de l'ADC prennent la ville le 23 mai 2006[2]. Avec l'accord des parties concernées, une médiation est organisée par l'Algérie, qui débouche sur les accords d'Alger[3].

Le 30 mars 2012, pendant la nouvelle rébellion touarègue, la ville est prise par les rebelles du groupe salafiste Ansar Dine, mené par Iyad Ag Ghali, après 24 heures de combat contre l'Armée malienne[4]. Elle échappe alors à l'autorité du gouvernement de Bamako et constitue une étape importante dans le conflit malien.

Le 28 janvier 2013, le Mouvement national pour la libération de l'Azawad (MNLA), associé au Mouvement islamique de l'Azawad (MIA) — fraction d'Ansar Dine ayant annoncé sa scission vers le 15 janvier —, déclare avoir repris le contrôle de Kidal au moment où les forces françaises, dans le cadre de l'opération Serval, et maliennes libèrent Gao puis Tombouctou[5]. Le MNLA déclare dès lors agir en totale coopération avec l'Armée française[6]. Durant la nuit du 29 au 30 janvier, des troupes françaises aéroportées prennent le contrôle de l'aérodrome situé au sud-est de la ville[7],[5] et contrôlent ses accès. Dans les jours qui suivent, l'Armée de l'air française réalise de nombreuses frappes aériennes au nord de la ville et dans la région où les groupes islamistes armés ont trouvé refuge[8]. Le 5 février, environ 1 800 militaires de l'Armée tchadienne prennent position pour sécuriser Kidal[9], jouant de facto un rôle de force d'interposition entre le MNLA, qui craint des représailles et exactions contre les Touaregs, et l'Armée malienne[6].

Le 26 février, un attentat suicide à la voiture piégée, faisant au moins quatre à six morts, est perpétré contre une barrière militaire tenue par les troupes du MNLA et du MIA et est revendiqué par le MUJAO[10]. Durant les mois qui suivent, des troupes béninoises et sénégalaises sont chargées par la MINUSMA, avec des éléments français, de sécuriser la ville[11].

Le 17 mai 2014, la ville est le théâtre d'une nouvelle bataille meurtrière, après que le premier ministre Moussa Mara ait tenté de se rendre dans la ville[12]. Les FAMa tentent de reprendre la ville le 21 mai 2014, mais essuient une lourde défaite face au MNLA[13]. La ville échappe donc depuis 2014 au contrôle du gouvernement malien[12].

Le 02 octobre 2023, l'armée malienne lance une offensive militaire pour reprendre le contrôle de la région de Kidal. Plus tard dans le mois, la MINUSMA met fin à sa présence dans la ville dans le cadre de son désengagement du Mali[14]. Ce retrait fait suite à la résolution 2690 du Conseil de sécurité des Nations Unies adoptée le 30 juin 2023, qui prévoit un retrait total de la MINUSMA du Mali d'ici la fin de l'année à la demande des autorités maliennes[15].

Dans la nuit du 3 au 4 novembre 2023, l’armée malienne a procédé à des frappes aériennes avec des drones sur le camp abandonné de la MINUSMA[16]. De nouvelles frappes ont également eu lieu le 7 novembre 2023[17],[18]. De nombreux civils quittent alors Kidal pour l'Algérie, anticipant le début des combats dans la ville[19]. Les forces rebelles du CSP-PSD coupent pendant ce temps le réseau téléphonique de la ville, afin d'éviter des fuites d'informations favorables aux FAMa[20].

Les frappes de drone continuent durant la nuit du 10 novembre, tandis que l'armée malienne, stationnée à Anefis, se rapproche de la ville[20]. Les combats commencent finalement le 11 novembre[21], a une trentaine de kilomètres de Kidal, bien que la situation reste figée le lendemain[22].

Finalement, les FAMa pénètrent dans Kidal le 14 novembre, et reprennent le contrôle de la ville[23].