Machu Picchu zostało zbudowane około 1450–1460[1]. Budowa przypada na czas panowania dwóch inkaskich władców, Pachacuteca (1438–1471) oraz Túpaca Yupanqui (1472–1493)[2]. Archeologowie zgadzają się, że Pachacutec zamówił budowlę jako jego własną królewską posiadłość po udanej wyprawie wojennej. Miasto było używane przez około 80 lat i zostało opuszczone prawdopodobnie ze względu na zniszczenia w innych obszarach Państwa Inków[1]. Istnieje też teoria, że mieszkańcy miasta zmarli na ospę przeniesioną na te tereny przez europejskich podróżników, co miało miejsce jeszcze przed pojawieniem się w pobliżu konkwistadorów[3].

W czasie, gdy Machu Picchu funkcjonowało jako posiadłość królewska, mieszkało tam do 750 osób. Większość z nich pełniła funkcje służebne. (tzw. yanakuna)[1][4]. Wypełniali oni wiele różnych zadań dla Inków, inkaskiej królowej i kapłanów. Mogli oni mieć swoje nieruchomości, a czasem nawet własne farmy i gospodarstwa. Nie byli oni niewolnikami, nie przymuszano ich do pracy. Najczęściej zajmowali się rzemiosłem, opiekowali się stadami czy utrzymaniem domów szlachty Choć posiadłość należała do władcy, mieszkali tam też duchowni i mayocs, czyli tymczasowi pracownicy. Jednak w ciężkich czasach za panowania Pachacuteca, ludność Machu Picchu liczyła zaledwie 100 służących i kilku ekspertów, którzy zajmowali się przechowywaniem żywności[1].

Badania pochowków wykazały, że dużą część społeczności żyjącej w Machu Picchu stanowili imigranci z różnych okolic. W ich kościach nie znaleziono znaczników chemicznych ani osteologicznych, które posiadaliby, gdyby od urodzenia; mieszkali w Machu Picchu. Jednocześnie odkryto uszkodzenia kości spowodowane przez różne gatunki pasożytów rodzimych dla innych terenów Peru. Występowały również różne stresory osteologiczne i różna gęstość kości, które mogą świadczyć o różnych sposobach odżywania się poszczególnych osób[5]. Podstawą ich pożywienia były: kukurydza, ziemniaki, ziarna zbóż, rośliny strączkowe oraz ryby. W okresie pobytu w Machu Picchu ludzie ci spożywali więcej kukurydzy, a mniej ryb.[4]. Szkielety znalezione w Machu Picchu wyróżniają się stosunkowo niewielkimi uszkodzeniami kości powstałymi przez wykonywanie ciężkich prac fizycznych. Większość pochowanych tu ludzi miało zdrowsze kości, niż mieszkańcy innych rejonów państwa Inków. Artretyzm i złamania kości występowały jedynie u osób, które wykonywały ciężkie prace lub służyły w wojsku[1].

W Machu Picchu żyli nie tylko ludzie, ale również zwierzęta. Znaleziono kości lam i alpak, które nie występowały na terenach położonych znacznie wyżej niż Machu Picchu. Najprawdopodobniej zwierzęta zostały sprowadzone z regionu Puna ze względu na mięso i skórę[6].

W wykopaliskach prowadzonych na obszarze jaskiń będących miejscami pochówku odnaleziono szczątki świnek morskich. Były one wykorzystywane do obrzędów pogrzebowych i religijnych[1] oraz stanowiły pożywienie[7]. Ponadto odkopano też szczątki sześciu psów – ze względu na rozmieszczenie ich wśród ludzkich kości uważa się, że służyły one jako towarzysze zmarłych[1].

W Machu Picchu większość roślin uprawiano na setkach tarasów zbudowanych przez ludzi. Tarasy budowano z myślą o zapewnieniu odwadniania i dobrej żyzności gleby; chroniły też zbocze góry przed erozją i osunięciami ziemi. Ich konstrukcja nie była idealna, zdarzały się osunięcia podczas budowy Machu Picchu. Nadal można zobaczyć, gdzie tarasy przesunęły się pod wpływem osuwisk, a następnie zostały naprawione przez Inków[8].

Szacuje się, że ten obszar był nawadniany przez ponad 1800 mm deszczu każdego roku od 1450. Z powodu dużej ilości wody deszczowej irygacja tarasów w Machu Picchu nie była potrzebna; tarasy otrzymywały tyle deszczu, że zostały zbudowane specjalnie z myślą o możliwości odprowadzenia dodatkowej wody. Wykopaliska i gleba przeanalizowana przez Kennetha Wrighta w latach 90 wykazały, że tarasy były budowane warstwowo. Dolna warstwa zawierała dużo większych kamieni, które były przykryte drobnym, luźnym żwirem[8]. Na wierzchu żwiru była mieszanina piasku i żwiru, a na jej wierzchu znajdowała się warstwa gleby uprawnej. Ziemie wykorzystywane do uprawy na tarasach sprowadzano z doliny, ponieważ znajdująca się wyżej gleba górska nie była wystarczająco żyzna[1].

Tarasy obejmowały tylko 12 akrów terenu, na których rosły głównie ziemniaki i kukurydza. Powierzchnia ta nie mogła wystarczyć do wyżywienia 750 osób mieszkających w Machu Picchu – większość żywności, którą żywili się mieszkańcy, sprowadzano z sąsiadujących dolin[5].