تشير المراجع التاريخية إلى أن تاريخ مدينة العيون يعود إلى ظهور النواة الأولى خلال مرحلة الإستعمار الإسباني للصحراء، إذ تأسست في 1928 باعتبارها قاعدة عسكرية نمت حولها بعض مقومات التمدن. ثم ظهرت بعض المرافق والخدمات الأساسية لتلبية حاجيات السلطة الاستعمارية، خاصة أسر العسكريين الإسبان الذين يعملون بالمنطقة، ثم إزدادت أهمية المنطقة، حسب المصادر التاريخية نفسها، في نهاية الأربعينات مع إكتشاف الجيولوجي الإسباني “مانويل أليامدنيا” وجود مناجم الفوسفات في منطقة بوكراع القريبة من العيون في سنة 1947.

في سنة 1950، زار الجنرال فرانكو مدينة العيون، وفي يناير من سنة 1958، أصدرت الحكومة الإسبانية مرسوما صنّف الصحراء المغربية مقاطعة إسبانية عاصمتها الإدارية العيون. ويربط مؤرخون هجرة مجموعات من بدو الصحراء إلى مركز المدينة بعملية “إيكوفيون” العسكرية التي شنها التحالف الإسباني الفرنسي على جيش التحرير في الصحراء. وكان في المدينة قسم خاص بالمعمرين الإسبان وآخر يقطنه السكان.

وشيدت المدينة حديثا على ضفة وادي الساقية الحمراء في سنة 1973 في موقع يسمى “عيون المدلشي”، أي منبع المياه العذبة، وعلى بعد 25 كيلومترا من المحيط الأطلسي. وبعد خروج الإستعمار الإسباني وبسط السيادة المغربية على الأقاليم الجنوبية عرفت العيون توسعا حضريا كبيراً ونموا عمرانياً ملحوظاً جعلها مدينة حديثة، إذ يزخر إقتصادها بثروات معدنية ومنجمية مهمة، كما إنتعشت فيها حركة السياحة الصحراوية مع بناء فنادق كبرى وأسواق للمنتوجات المحلية الصحراوية، فضلا عن السياحة البحرية على شاطئ “فم الوادي” بضاحية المدينة.

وبعيدا، عن الرواية الرسمية، يشكك بعض الباحثين في تاريخ تأسيس المدينة، إذ أكد عبد الوهاب سبويه، رئيس الجمعية الثقافية للمخطوطات وحفظ الذاكرة للصحراء المغربية، في ندوة نظمت لمناسبة الفيلم الوثائقي بالمدينة وتحمل عنوان “دور الأرشيف والمخطوطات في التدقيق التاريخي للفيلم الوثائقي حول الثقافة والتاريخ والمجال الصحراوي الحساني” أن تاريخا سابقا عن سنة 1928، وكشف عن وثائق تاريخية تذكر اسم العيون، وردت فيها أسماء شخصيات إستقرت بالمنطقة بشهادة قضاة تابعين للسلطات المركزية المغربية.[1]

في 2002، زار الملك محمد السادس مدينة العيون في زيارة رسمية، وألقى خطاباً بساحة المشوار.

في 2006، زار الملك محمد السادس مدينة العيون، وقام بتعيين المجلس الملكي الاستشاري للشؤون الصحراوية، والذي يُعهد له بالإشراف على مبادرة الحكم الذاتي في الصحراء.[2]

في 2015، ترأس الملك محمد السادس في العيون حفل إطلاق استراتيجية تنفيذ النموذج التنموي الجديد للأقاليم الجنوبية بمناسبة الذكرى الأربعين للمسيرة الخضراء.

في 2016، زار الملك محمد السادس مدينة العيون وترأس مجلساً وزارياً بها.[3]

في 26 يونيو 2019، إفتتحت كوت ديفوار قنصلية شرفية لها في العيون، وفي 18 دجنبر 2019، إفتتحت جزر القمر قنصليتها بالعيون، وفي 17 يناير 2020، إفتتحت الغابون قنصليتها بالعيون، وفي 23 يناير 2020، تم افتتاح قنصليات ساو تومي وبرينسيب وإفريقيا الوسطى في مدينة العيون، وفي 4 نوفمبر 2020، إفتتحت دولة الإمارات العربية المتحدة قنصلية عامة بالعيون، وفي 14 ديسمبر 2020، إفتتحت مملكة البحرين قنصليتها في العيون، وفي 4 مارس 2021، إفتتحت المملكة الأردنية الهاشمية قنصليتها في العيون، وفي 29 يوليوز 2021، إفتتحت مالاوي قنصلية عامة لها في مدينة العيون.[4][5][6][7][8]