مسجد بيبي خانم أو بيبي هانم (بالأوزبكية: Bibi-Xonim masjidi ؛ الفارسية: مسجد بی بی خانم) هو مسجد جامع تاريخي ويقع شرق ميدان ريجستان ويعد أحد أشهر معالم سمرقند في أوزبكستان ويلقب جوهرة سمرقند. بني في 1399م وانتهى في 1403م وسمّي على اسم زوجة تيمورلنك. تعتبر تحفة من روائع عصر النهضة التيمورية، بحلول منتصف القرن العشرين، لم يبق منه سوى أنقاض ضخم، ولكن تم ترميم أجزاء كبيرة من المسجد خلال الفترة السوفيتية.