След завладяването на Перу от испанците, бунтовният инка Манко Капак II тайно се измъква от Куско и се установява северозападно от Олантайтамбо в дълбините на джунглата, където основава град наречен Вилкабамба. След дълги години сражения с инките, през 1572 г. испанците атакуват Вилкабамба и връщат последния инка Тупак Амаро (наследник и половин брат на Манко) в Куско, където го екзекутират.

Със скромните си размери Мачу Пикчу не може да претендира за ролята на голям град – в него има не повече от 200 строителни съоръжения. Като цяло това са храмове, резиденции, складове и други помещения. В голямата си част те са изработени от добре обработен камък и плътно прилепнали една в друга плочи. Предполага се, че там са живеели до 1 200 души, които се прекланяли пред бога на Слънцето (Инти) и отглеждали селскостопански култури на терасите. Площта на светилището е 325,92 km². Средната надморска височина е 2350 m.

За града на инките, който векове наред се е крил от чужди очи високо в джунглата на перуанските Анди (2350 m) над река Урубамба и неговите обитатели няма останали писмени сведения (инките не са имали писменост). Не е ясно и защо са го напуснали – една теория казва, че ги е прогонила епидемия от едра шарка. Смята се, че градът е бил населен, докато испанците превземат Перу през 1532 г. Археологическите разкопки показват, че може би Мачу Пикчу не е бил обикновен град, а курорт или цитадела за елита на инките. В него е имало огромен палат и храмове. Малко хора са живели в Мачу Пикчу по време на дъждовния сезон, когато първенците са го напускали. Вероятно мястото е избрано заради уникалното си местоположение и геоложки особености – планинската верига зад Мачу Пикчу наподобява лице на инка, гледащ към небето, а носът му е най-високият връх Хуайна Пикчу (Младият връх).

В Мачу Пикчу има 140 различни конструкции, над 100 каменни стълбища, фонтани, свързани помежду си с канали и дренажна система, издълбана в скалите. Според археолозите той е бил разделен на три големи сектора: свещен, народен и за аристокрацията. В първия са основните археологически съкровища на града – Интихуана – Слънчевата наблюдателница, до нея – Храмът на слънцето – единственото запазено светилище на главния бог на инките – Виракоча, а до него прочутият Храм с трите прозореца изграден от огромни каменни блокове и наречен така заради трите трапецовидни отвора, Дворецът на Великия жрец с огромен камък в средата, където са се извършвали жертвоприношения.

Покорителите на земите на инките били запленени от легендите за скрити безценни съкровища. Векове по-късно митовете за неизвестен град, в който велможите на инките заровили големи товари със злато, докато се крили от нашествениците, повеждат младия американски историк и преподавател в университета в Йейл, Хирам Бингъм из долината на река Урубамба. Местни хора го отвеждат в каньона на реката, откъдето по лъкатушеща тясна пътека той се изкачва на хълма и открива най-невероятния град на инките напълно запазен и пуст. Датата е 24 юли 1911 г. Бингъм не успява да открие града с митичното злато, но самият Мачу Пикчу окупира въображението на хората по света с удивителната си архитектура – издигнат високо, така че никога да не бъде намерен. Първата книга на Бингъм носи заглавието „Изгубеният град на инките“. Той пише още книги и множество статии в следващите години. По време на пътешествията си из Перу той успява да получи всевъзможни разрешителни от властите в Лима, което му позволява да занесе в Йейл около 5000 предмета от цитаделата.

Перу обявява, че ще започне съдебни процедури, за да си върне хилядите артефакти от Йейл. Днес властите в Лима твърдят, че в началото на XX век са се съгласили с преместването на находките само с условието, че те ще бъдат върнати. От Йейл обаче отвръщат, че при събирането на предметите са следвани стандартните практики за времето и че предлагат разумна оферта да върнат някои от артефактите. От Перу плашат, че ще повдигнат иск в САЩ, след като тригодишните преговори са завършили без споразумение. От университета казват, че са предложили да работят с перуанското правителство и да организират паралелни експозиции с предмети на инките в Йейл и в нов музей, който ще бъде построен в Перу. Лима си иска обратно артефактите, за да бъдат показани на голяма изложба, с която да отбележи 100-годишнината от откриването на Мачу Пикчу.