Първите заселници на Малдивските острови са дравидите, които пристигат от съседните брегове на Индийския субконтинент и Цейлон. Изследванията на малдивските лингвистични и културни традиции сочат към силно дравидско влияние върху малдивското общество, концентрирано в Мале още от древността.

Първоначалните заселници на архипелага нямат крале, а живеят в прости съобщества, ръководени от местни вождове. Един ден, обаче, принц от Индия, наречен Коймала, пристига в Мале на борда на голям кораб. Местното население го забелязва и го приветства. Те му позволяват да се засели сред тях, като с времето приемат управлението му.

Когато Ибн Батута пристига в Мале през 1343 г., той прави подробно описание на града, както и на околните острови. Той споменава, че кралицата има резиденция в Мале. Споменава и наличието на няколко джамии, построени от дърво.[1]

През 17 век Мале е укрепен от султан Мухамад Имадудин, който построява стени на северната, източната и западната страни на острова. Създадено е вътрешно пристанище за риболовни кораби и външно пристанище за по-големи кораби между островите Вилингили и Хулхуле.[1]

Към 1888 г. населението на града е 2148 души, но бързото му нарастване скоро води до търсенето на място за живеене. В периода 1925 – 1927 г. старите укрепления и разнебитените стени са съборени при управлението на Мухамад Шамсудин III и са възстановени, но в по-малък мащаб. Пътищата също са разширени и изправени. Старите големи гробища са премахнати, за да се отвори повече място за жилища.

Кралският дворец е разрушен, когато градът е премоделиран от президента Ибрахим Насир след премахването на монархията през 1968 г. От това време са запазени само сградата на Националния музей, резиденцията на султана и Петъчната джамия.

Към 1967 г. населението на града е вече 11 453 души, а към 1977 г. – 29 522 души. За да се вмести постоянно нарастващото население на града, през 1986 г. плитката лагуна около Мале започва да се усвоява.[1]