Трогир е основан през 3 век пр.н.е. от гръцки колонисти. Градът успешно се развива, въпреки че през римския период е в конкуренция с близкия град Салона (Сплит). През 7 век на далматинското крайбрежие се заселват славяните и не след дълго градът попада под властта на хърватските крале.

През 1123 г. Трогир е напълно разрушен от сарацините, но скоро след това е възстановен отново и достига своя пик в развитието си през 18 век. През 1420 г. Трогир заедно със значителна част от далматинското крайбрежие попада под контрола на Венецианската република.

След падането на Венецианската република през 1797 г. градът става част от Австрия. По време на Първата и Втората световна война Трогир е окупиран от Италия, след което е в границите на Югославия. След разпадането на Югославия в началото на 90-те години на 20 век градът е част от Независима Хърватия.