Una primera església es va aixecar en aquest lloc el 829 per allotjar dignament el cos de sant Marc (evangelista), les relíquies del qual havien estat portades, segons sembla, d'Alexandria. A més de la devoció al cos del sant, la basílica estava estretament vinculada a l'autoritat dels duxs. Aquella primitiva església va acabar incendiada el 976 i refeta amb rapidesa. La devoció a les relíquies havia popularitzat el lloc; aquest fet, juntament amb l'augment de la potència econòmica de Venècia, va permetre, el 1063, l'inici de la construcció de la basílica actual. Deu anys després ja era acabada, però la seva decoració va anar enriquint-se en el decurs dels anys amb la intervenció de la ciutat, que també resultava afavorida per la protecció del mateix patró: sant Marc.