El santuari vell va desaparèixer totalment en un incendi que va tenir lloc la nit del 8 al 9 de setembre de 1972, després d'un dels aplecs que hom fa al santuari. Era un edifici del segle xvi d'origen romànic, on es podia trobar l'antiga imatge de la patrona d'Andorra, una talla romànica del segle xii que, pel calçat que duia, era popularment anomenada la Mare de Déu dels Esclops i que també fou destruïda en l'incendi. La imatge actual s'ha refet el més fidelment possible i es troba al nou santuari de Meritxell.

Segons una llegenda, la Mare de Déu de Meritxell es va trobar sota una gavarrera florida a poca distància del santuari, on ara hi ha un petit oratori. El 1873, el Consell General de les Valls va declarar per unanimitat patrona d'Andorra la Mare de Déu de Meritxell. El 8 de setembre del 1921 va ser solemnement coronada, i aquesta data va esdevenir la festa nacional andorrana. Cada any, se celebra un aplec popular al santuari, que acull també l'Aplec de les Parròquies Andorranes (Romiatge de les Parròquies Andorranes), el primer diumenge del mes de maig.

Així ho recull una de les estrofes dels diversos goigs que té dedicats:

"Per patrona us aclama
el Consell amb gran amor,
i entusiasmat proclama
que d'Andorra sou tresor.
Les Parròquies andorranes
vós, Reina, vulgueu guardar."[1]