Des del Paleolític Superior hi ha restes de vida humana, així estan les coves de Boxu i les de los Azules. En la primera hi ha resta lítics i ossis i pintures rupestres de diversos tipus d'animals barrejats amb motius geomètrics. En la cova dels Azules s'ha trobat un cadàver amb ofrenes.[1] Del neolític, hi ha restes en les coves de Salmula, Trespando i el Cuelebre.[2] De la mateixa manera també hi ha dòlmens com el de Santa Cruz, que és el millor conservat. Consta de cinc grans pedres que formen la càmera dolmènica. Un element molt important d'aquest dolmen és la decoració pictòrica i de gravats que té la seva part interior.

L'època de la romanització, va deure ser bastant intensa, ja que el Sella era el límit entre els pobles Càntabres i Asturs. Aquests pobles units van lluitar a les guerres càntabres contra la invasió romana. Per a assegurar-se la seva romanització van haver de construir una calçada que unia aquesta zona amb Cantàbria. Hi ha gran quantitat de restes, tant de sepultures com d'esteles funeràries. L'estudi de fonts asturianes i àrabs, estableixen amb claredat que la Batalla de Covadonga i Pelai representen l'inici de la rebel·lió dels pobles càntabre i astur, i que la victòria de Covadonga en el 722 dona origen al Regne d'Astúries amb capital a Cangues d'Onís. Entre els seus successors està Alfons I d'Astúries, que va augmentar les fronteres del regne i repobla amb cristians de l'altiplà zones d'Astúries.

En el segle xii, ja es comencen a tenir proves d'una demarcació canguesa, però els seus límits són diferents als coneguts, fins i tot en el segle xiii, segueix aquest territori sense tenir un apel·latiu.

És en el segle xiv, en un inventari de drets del bisbat d'Oviedo en el qual apareix la zona amb la denominació de Cangues d'Onís. Altre exemple està en el testament d'Enric II de Castella que àmplia els senyorius del seu fill bastard, incloent el concejo de Cangues d'Onís que tornaria en anys més tard novament a la corona. En el segle xvi, ja apareix Cangues d'Onís, com a entitat concejil i figura en la Junta General del Principat d'Astúries celebrada en 1504 en el convent ovetenc de San Francisco. Aquests càrrecs recauen en aquestes dates en membres de famílies il·lustres de la comarca.

Referent a Covadonga va ser Felip III, qui comença a transformar el Reial Lloc, gràcies als esforços dels diferents abats, realitzant obres d'importància en la cova, però a conseqüència d'un incendi es van perdre totes les imatges, joies, etc. Aquest incendi portarà alguna cosa molt favorable i és que Carles III es preocupa pel reial Lloc i realitzarà una sèrie d'obres i projectes, com van anar la construcció d'un nou temple i millores en les comunicacions portant tot això un comerç molt més viu que donarà una embranzida a la vida del concejo.

El segle xix, portarà la Guerra de la Independència Espanyola, es crea el regiment de Cangues d'Onís i la vila passarà a ser capital d'un dels governs militars. Van ser ocupats diverses vegades per tropes franceses donant com a resultat multitud de persones mortes per ambdós bàndols. La desamortització de Mendizábal també va portar canvis, ja que van ser venuts els béns del monestir de San Pedro de Villanueva, menys l'edifici del monestir i l'església, i els béns de Covadonga, menys els béns més propers. Les guerres carlines, també van tenir la seva repercussió, ja que la vila i els seus pobles van ser ocupats.

A mitjan segle xix Cangues d'Onís té un gran creixement a causa de diferents millores, com ara les carreteres del Pontón i la de Ribadesella. L'explotació minera de Buferrera per una companyia anglesa que emprés gran quantitat de mà d'obra, tant local com dels concejos de tota Astúries. En el segle xx, es crearà el Parc Nacional de Covadonga i se li concedeix a la capital del concejo el títol de ciutat. Aquest segle també portarà el tancament de les mines de Buferrera, que tanta mà d'obra havia portat en el segle passat. Però la guerra civil espanyola fou un cop dur que va portar una gran destrucció a tot el concejo, fou bombardejada la capital diverses vegades, col·locant el bàndol republicà càrregues sobre els ponts del riu Sella per a destruir-los. Fins i tot durant la postguerra va haver problemes, ja que van actuar en el concejo partides guerrilleres, portant en conseqüència unes represàlies per part del bàndol nacional. Tot això va conduir a Cangues d'Onís a una dura i difícil postguerra.

Un altre esdeveniment històric a destacar és que en l'any 1978, Cangues d'Onís, va tornar a ser la capital del Principat d'Astúries, ja que en el saló de sessions de l'ajuntament, s'acollia la constitució del Consell Regional d'Astúries, futura Junta General del Principat d'Astúries i ens encarregat de l'elaboració del Projecte d'Estatut d'Autonomia.