Sant Ciarán juntament amb Diarmait Uí Cerbaill van arribar en un centre de comunicacions i punt estratègic, a les confluències de les províncies de Connacht, Munster i Leinster i van construir la primera església. Era una petita estructura de fusta i la primera de moltes petites esglésies que s'agrupen en el lloc. Diarmuid seria el primer home a ser coronat Rei d'Irlanda, alhora queera un cristià practicant. Ciarán va morir menys d'un any després per culpa de la febre groga (la Plaga de Justinià) i va ser enterrat segons s'informa a l'església de fusta original, ara el lloc de l'oratori de pedra del segle ix, conegut com el Temple de Ciarán. En els annals es diu que va morir a l'edat de 33 anys, una de les moltes coincidències entre la vida Ciarán registrat i la de Jesucrist.

El període de major creixement de Clonmacnoise va ser entre els segles VIII i XII. Va ser atacat amb freqüència durant aquests quatre segles, majoritàriament pels irlandesos (almenys 27 vegades), els Vikings (almenys 7 vegades) i els anglonormands (com a mínim 6 vegades). Els primers edificis de fusta van començar a ser substituïts per estructures de pedra duradora al segle ix, i la població original de menys de deu homes va créixer a potser entre 1.500 i 2.000 pels volts del segle xi. Artesans relacionats amb el lloc van crear algunes de les obres d'art més belles i perdurables amb metall i pedra mai vistes a Irlanda, com el bàcul Clonmacnoise, conservat al Museu Nacional d'Irlanda[n. 1] i la Creu de les Escriptures que representa la cúspide d'aquests treballs.

Al segle xii Clonmacnoise va començar el declivi del monestir. Les raons eren diverses, però sens dubte el factor més debilitant va ser el creixement de la ciutat d'Athlone, al nord del monestir a finals del segle xii. Athlone es va convertir en la principal ciutat comercial de la regió central d'Irlanda, la ruta més popular per travessar el riu Shannon, així com la solució per defensar millor la regió. Molts dels habitants de Clonmacnoise van marxar cap a Athlone, i amb la baixada de la població es va perdre gran part del suport per tal que el lloc produeixi el necessari per mantenir-se. Els antics aliats van començar a reconèixer la disminució de la influència del lloc. L'afluència d'ordes religiosos continentals com els franciscans, agustins, benedictins... introdueix en aquest en aquest monestir un descens de vocacions per la competència d'altres ordes. També s'hi ha d'afegir el canvi a Irlanda del segle xii que va convertir molts conjunts monàstics en diòcesis, així, Clonmacnoise va ser designat com a seu d'una diòcesi petita i empobrida.

El conjunt, va passar a l'Església d'Irlanda un cop vaqn ser suprimits els ordes monàstics per part d'Enric VIII. No fou fins al segle XX que fou retornat al catolicisme i aquest, al seu torn, el va cedir a l'estat. El 1979 va rebre la visitat del papa Joan Pau II, en el transcurs de la visita pastoral que va fer a Irlanda.
Error de citació: Existeixen etiquetes <ref> pel grup «n.» però no s'ha trobat l'etiqueta <references group="n."/> corresponent.