Antigament anomenada Efàstia (Ηφαιστεία en grec antic),[1][2] Comino se sap que va ser habitada per agricultors durant l'època romana, però durant llargs períodes de la seva història ha estat poc poblada, propietat privada o abandonada completament.[3] La seva costa accidentada està delimitada per penya-segats de pedra calcària escarpats i esquitxades de coves profundes que eren populars entre pirates i rodamons a l'edat mitjana. Les coves i cales de Comino s'utilitzaven amb freqüència com a llocs d'escenificació per a incursions en vaixells desgraciats que travessen entre Malta i Gozo.[3] Des de 1285 fins a poc després de 1290, a Comino va viure el profeta i cabalista jueu exiliat Abraham Abu-l-Afiya i hi va compondre el seu Sefer ha'-Oth (El llibre del signe) i la seva darrera obra, Imre Shefer (Paraules de bellesa).[1][4]