Fins al segle xvi, els emperadors d'Etiòpia no vivien en una ciutat o capital administrativa. L'emperador i la seva cort vivien en tendes en campaments reials temporals i es movien per tot el regne amb la família reial, guàrdia reial, cortesans i servei, depenent per al seu abastament del gra de les poblacions limítrofes i de la llenya dels boscos. L'única excepció va ser el regnat de l'emperador Zara Yaqub que fundaria la ciutat de Debre Berhan l'any 1456, en veure una llum misteriosa al cel.

L'emperador Minas l'any 1559, és el primer dels reis d'Etiòpia que comença a passar l'estació de les pluges a prop del llac Tana, tornant una vegada i una altra cada temporada al mateix lloc, que va acabar transformant-se en una ciutat florent. Els campaments temporals també es van desenvolupar, convertint-se en poc temps en ciutats com Emfraz, Ayba, Gorgora, i Dankaz.

Gondar fou fundada per l'emperador Alam Sagad o Fasilides l'any 1635; es desenvoluparia com una ciutat mercat i centre agrícola. Hi havia una superstició que afirmava en aquella època que el nom de la capital havia de començar amb la síl·laba 'Ga' (que en pronunciació moderna és 'Ge'; Gonder originalment es cridava Gandar), això mateix també va contribuir al desenvolupament de Gorgora (fundada com Gargara), en els segles posteriors al 1600. La tradició també afirma que un búfal va portar a l'emperador Fasilides fins a un estany a prop del qual vivia un vell eremita ancià i venerable que li va dir a l'emperador que havia de construir la seva capital en aquest lloc. Fasilides va fer que s'omplís l'estany i sobre ell va construir el seu castell.[1] L'emperador també va construir un total de set esglésies; les dues primeres, Fit Mikael i Fit Abbo, van ser construïdes per agrair el final d'epidèmies locals. Els següents cinc emperadors també van construir els seus palaus a la ciutat.

L'any 1668, com a resultat d'un consell eclesiàstic, l'emperador Yohannes I va ordenar que els habitants de Gondar fossin separats en dos barris segons la seva religió. Això va provocar que els musulmans s'establissin al seu propi barri, Islamge (Gue'ez: እስላምጌ "Lloc de l'Islam, " o "País de l'Islam ") o Islam Bet (እስላም ቤት "Casa de l'Islam, "), en els dos anys següents.

Durant el segle disset, la població de la ciutat s'estimava en més de 60.000 habitants i va ser la segona ciutat més gran del món per població.[2] L'any 1678, el bisbe Hovannes d'Armènia que visitava la ciutat va dir d'aquesta que "era dues vegades més gran que Istanbul ".[3] Molts dels edificis d'aquest període encara existeixen, malgrat que el segle divuit va ser una època de lluites i desordres civils i la ciutat va iniciar la seva decadència.

La ciutat va ser la capital d'Etiòpia fins que l'Emperador Tewodros II o Teodor II va traslladar la capital imperial a Magadala (després de despoblar la ciutat per la força i de destruir una gran part de les seves infraestructures), després de ser coronat emperador el 1855. Abdallahi Ibn Muhammad va saquejar Gondar quan va envair Etiòpia el 1887. Gondar es va desenvolupar sota l'ocupació italiana; durant la Segona Guerra Mundial, Les forces Italianes es van replegar i van defensar a Gondar el novembre de 1941 després de la caiguda en poder de les forces del britàniques de la ciutat d'Addis Abeba. Finalment va caure en mans dels britànics.

Gondar va ser capturada el març de 1991 per les forces del Front Democràtic Revolucionari Popular Etíop en l'anomenada "Operació Tewodros, en la part final de la Guerra Civil Etiòpica.