Durant la dinastia Han (206 aC–220 dC), un nombre substancial de xinesos Han vivien a la vall de Xining a l'est.[1] Al segle xvii, les tribus Oirat i Khalkha que parlaven mongol van emigrar a Qinghai i van ser coneguts com a mongols de Qinghai.[2] El 1724, els mongols de Qinghai liderats per Lobzang Danjin es va revoltar contra la dinastia Qing. L’emperador Yongzheng, després de sufocar la rebel·lió, va despullar l'autonomia de Qinghai i va imposar el domini directe. Encara que alguns tibetans vivien al voltant del llac, els Qing van mantenir una divisió administrativa des de l'època de Güshi Khan entre el regne occidental del Dalai Lama (lleugerament més petit que l'actual Regió Autònoma del Tibet) i les zones habitades pels tibetans a l'est. Yongzheng també va enviar colons manxú i Han per diluir els mongols.[3]

Durant el govern nacionalista (1928-1949), els Han van formar la majoria de la província de Qinghai, encara que els musulmans xinesos (Hui) dominaven el govern. [20] El general Hui del Guomindang Ma Bufang, després d'haver convidat els musulmans kazakhs,[4] es va unir al governador de Qinghai i altres alts càrrecs de Qinghai i oficials del govern nacional per dur a terme una cerimònia conjunta del llac Kokonuur per adorar el Déu del Llac. Durant el ritual, es va cantar l'himne nacional xinès i tots els participants es van inclinar davant un Retrat del fundador del Guomindang, Sun Yat-sen, així com davant el Déu del Llac. Els participants, tant Han com musulmans, van fer ofrenes al déu.[5]

Després de la revolució xinesa de 1949, els refugiats del moviment antidreta de la dècada de 1950 es van establir a la zona a l'oest del llac Qinghai.[6]

Després de la reforma econòmica xinesa dels anys vuitanta, i atreta per noves oportunitats de negoci, la migració a la zona va augmentar, provocant un estrès ecològic. La producció d'herba fresca al comtat de Gangcha al nord del llac va disminuir d'una mitjana de 2057 kg/ha fins a 1271 kg/ha el 1987. L'any 2001, l’Administració Forestal Estatal de la Xina va llançar la campanya "Retire Cropland, Restore Graslands" (退耕，还草) i va començar a confiscar les armes dels pastors tibetans i mongols per tal de preservar la Gasela de Przewalski, en perill d'extinció.[6]

Abans de la dècada de 1960, 108 rius d'aigua dolça desembocaven al llac. A partir del 2003, el 85% de les desembocadures dels rius s'han assecat, inclòs l'afluent més gran del llac, el riu Buha. Entre 1959 i 1982, hi havia hagut una baixada anual del nivell de l'aigua de 10 cm, que es va invertir a un ritme de 10 cm entre 1983 i 1989, però ha continuat baixant des de llavors. L’Acadèmia Xinesa de Ciències va informar l'any 1998 que el llac estava de nou amenaçat amb pèrdua de superfície a causa del pasturatge excessiu del bestiar, recuperacions de terres i causes naturals.[7] La superfície va disminuir un 11,7% en el període de 1908 a 2000.[8] Durant aquest període, les zones més altes del fons del llac van quedar exposades i nombrosos masses d'aigua es van separar de la resta del llac principal. A la dècada de 1960, els 48,9 km² del llac Gahai (尕海, Gǎhǎi) va aparèixer al nord; Llac Shadao (沙岛, Shādǎo), que cobreix una àrea de 19,6 km² al nord-est, seguit a la dècada de 1980, juntament amb el llac Haiyan (海晏, Hǎiyàn) de 112,5 km².[9] Uns altres 96,7 km², el llac fill es va separar el 2004. A més, ara el llac s'ha dividit en mitja dotzena de llacs més petits a la frontera. El Centre Provincial de Teledetecció de Qinghai, va atribuir la separació del llac Qinghai a la contracció de la superfície de l'aigua com a resultat de la baixada del nivell de l'aigua i la desertificació a la regió. La superfície de l'aigua s'ha reduït un 312 km² durant les últimes tres dècades.[10]