Probablement correspon a l'antiga Ad Matricem,[1] on Trajà va fer construir un pont de fusta.[2]

Fou fundada a finals del segle xv i és esmentada per primer cop en una carta de l'abril de 1452 com a "Castell del Pont del Neretva". Quan el sandjakbegi de Bòsnia, Isa Beg ibn Ishak va ocupar (1467) el ducat de Sant Sava (en turc Herzek Ili) Mostar era un poble petit amb un pont al Neretva o Narenta ben guardat per dues torres fortificades. En una data entre el 26 de gener de 1468 i el 12 de maig de 1469, la població és esmentada com a Mostar o Mosdar amb 16 famílies no musulmanes i un mercat. Fou capçalera d'un wilayat que tenia 30 pobles. Prop hi havia Blagaj que havia estat la capital del ducat i que des de vers 1470 va formar un jutjat (kadilik) amb Drin i Foça, però Mostar només era seu d'un naib depenent del kadi de Foça (des de 1473). Entre 1505/1506 i 1519 va esdevenir kada separat. El 1522 i fins a 1530 va ser seu del sandjakbegi d'Hersek Ili. En aquest temps només era un nucli a la riba esquerra del riu entorn de la moderna Stari Grad. El 1519 tenia unes 75 llars cristianes i 19 musulmanes.

A la segona meitat del segle xvi va accelerar el seu creixement i es va estendre a la riba dreta del riu i es van construir dos ponts més, un d'ells, el Stari Most és de fet el símbol de la ciutat i és una de les construccions més importants d'aquesta època. Va ser construït durant nou anys per un estudiant del famós arquitecte otomà Mimar Sinan, Mimar Hayrettin, i va ser acabat el 1566/1567;[3] l'Stari Most va substituir al vell pont de fusta; l'altre pont fou el de Kriva Cuprija. El 1631/1632 tenia 19 barris musulmans i dos de cristians.

Al segle xviii el districte (exclosa la nahiye de Lubuška) tenia uns 60 pobles i va esdevenir un important kapudanlik. Vers 1829 12 poblacions del sandjak d'Hercegovina tenien al capdavant un kapudan (de l'italià capitano). El 1833 Mostar fou declarada capital del mutasariflik d'Hersek amb Ali Pasha Rizvanbegovič com a governador (wali) que va exercir fins a 1851 i hi va fer grans construccions. El 1867 es va inaugurar l'administració municipal i va esdevenir el centre del wilayat d'Hersek quan es va crear el 1875 però fou suprimit el 1876 i va ser reintegrat a Bòsnia.

L'Imperi Austrohongarès va ocupar Mostar el 5 d'agost de 1878 sense lluita i Mostar esdevingué capçalera del kreis d'Hercegovina. El ferrocarril hi va arribar el 1884. Després de la I Guerra Mundial va passar al Regne dels Serbis, Croats i Eslovens, després Iugoslàvia. La darrera madrassa es va tancar el 1924 i l'escola musulmana el 1925.

Des de 1881 Mostar fou la seu del Bisbat de Mostar-Duvno. El 1939, Mostar esdevenia part de la Banovina de Croàcia, i durant la Segona Guerra Mundial era una ciutat important en l'Estat Independent de Croàcia. Al final de la guerra, restaurada Iugoslàvia sota el govern comunista, va quedar dins la república assignada als musulmans. Després de la Segona Guerra Mundial, Mostar desenvolupava la fabricació de productes de tabac, bauxita, vi i alumini. Unes quantes preses (Grabovica, Salakovac, Mostar) es construïen a la regió per aprofitar l'energia hidroelèctrica del Neretva. La ciutat era un important centre industrial i turístic i prosperava durant el temps de la República Federal Socialista de Iugoslàvia.

A la dissolució del país, Bòsnia es va fer independent (1991). El 18 de novembre de 1991 la Unió Democràtica Croata, majoritària a Hercegovina, va proclamar la República Croata d'Herceg-Bòsnia com entitat separada cultural i política amb autoritat a tot el territori d'Hercegovina. Durant 18 mesos Mostar fou teatre de la guerra. La ciutat va quedar dividida en dues parts: a l'oest els croats i a l'est l'exèrcit de la república de Bòsnia, i el pont Stari Most va quedar destruït. Els serbis (formalment per l'exèrcit federal iugoslau) la van bombardejar el 3 d'abril de 1992 i van establir el control sobre gran part de la ciutat, però el 12 de juny de 1992 el Consell de Defensa Croata va poder rebutjar als serbis que van respondre amb el bombardeig per artilleria; el monestir franciscà, la catedral catòlica, el palau del bisbe amb una biblioteca amb 50.000 llibres, la mesquita Karadžoz-bey i altres 13, i molts altres edificis van ser totalment o parcialment destruïts. A mitjan juny de 1992 el Consell de Defensa Croata va demolir la catedral ortodoxa sèrbia (Saborna Crkva) i el monestir ortodox Žitomislić i més tard la catedral de la Santíssima Trinitat i l'església del Naixement de la Santíssima Mare de Déu. La guerra a Bòsnia va durar de 1992 a 1995. Els acords de Dayton van reconèixer la república croata d'Hercegovina com una de les dues entitats dins de la República de Bòsnia-Hercegovina. En el seu control (i en part en la seva restauració) hi va participar un destacament de l'exèrcit espanyol. Així mateix, l'exalcalde de València Ricard Pérez Casado, fou nomenat administrador de la Unió Europea per a la ciutat entre l'abril i el juliol del 1996, amb l'encàrrec de preparar i supervisar les eleccions municipals.

 

Mostar, el Stari Most i el riu Neretva