La majoria dels arqueòlegs creuen que els indis Taos, juntament amb altres indis pueblo es van establir al llarg del riu Grande emigrant de la regió de Four Corners.[1] Els habitatges d'aquesta regió van ser habitades pels antics Pueblo (Anasazi), i una llarga sequera a la zona a finals del segle xiii podria haver causat el seu desplaçament cap al riu Grande, on el proveïment d'aigua era més segur.

Al llarg dels seus primers anys, el poble de Taos ser un punt central del comerç entre les poblacions natives al llarg del riu Grande i els seus veïns al nord-est, les tribus de les planures. El pueblo Taos celebrava una fira cada tardor després de la collita agrícola.[2]

Els primers visitants espanyols arribaren a Taos en 1540 com a membres de l'expedició de Francisco Vásquez de Coronado, que van passar per molts dels pobles de Nou Mèxic a la recerca de les llegendàries Set Ciutats d'Or. Al voltant de 1620 s'hi va construir la primera església catòlica al poble, San Gerónimo de Taos. Els informes de l'època indiquen que els nadius de Taos es van resistir a la construcció de l'església i a la imposició de la religió catòlica. Al llarg de la dècada de 1600, les tensions culturals van créixer entre les poblacions natives del sud-oest i l'augment de la presència espanyola. Taos no va ser l'excepció, i cap al 1660 els nadius van matar el sacerdot resident i va destruir l'església. Només diversos anys després de la seva reconstrucció, va començar la revolta pueblo de 1680 i els indis Taos destruïren novament San Geronimo i van matar dos sacerdots.[2]

Pels voltants del segle xviii, San Gerónimo de Taos estava en construcció per tercera vegada, i les relacions entre espanyols i natius del poble fou amistosa durant un breu període, ja que tots dos grups van trobar un enemic comú en la invasió dels utes i comanxes. La resistència al catolicisme i a la cultura espanyola era encara forta. Tanmateix, els ideals religiosos espanyols i les pràctiques agrícoles es van obrir camí subtilment en la comunitat de Taos, en gran part durant aquesta època d'augment de cooperació entre els dos grups culturals.[2]

Nou Mèxic es va convertir formalment en un territori dels Estats Units el 1847 amb la signatura del Tractat de Guadalupe-Hidalgo, però va esclatar una revolta al pueblo de Taos dirigida pel mexicà Pablo Montoya i pel líder taos Tomasito, que encapçalaren una força conjunta de mexicans i amerindis que no volien formar part dels Estats Units. Aconseguiren assassinar al governador Charles Bent i altres, i van marxar cap a Santa Fe, però van ser finalment sotmesos després d'haver-se refugiat a la malmesa Església de la Missió de San Gerónimo. Les tropes nord-americanes van bombardejar l'església, matant o capturant als revoltats i en destruïren l'estructura física. Al voltant de 1850 va ser construïda una nova església de la missió prop de la porta oest del pueblo. Les ruïnes de l'església original i la construïda en 1850 són encara visibles dins de la paret del pueblo avui.[2] "The Padre of Isleta", Anton Docher va servir com a sacerdot primer a Taos abans de passar una llarga temporada a Isleta.[3]

En 1924-25 llur cultura fou estudiada per Carl Jung qui va visitar el poble liderat per Ochwiay Biano.