Trogir va ser fundada pels grecs des de l'illa de Veieres al segle iii aC, i es feu un port important en el període romà. Si bé la prosperitat sobtada de Salona va comportar la crisi de Trogir, durant les migracions eslaves, els habitants de Salona van fugir cap a Trogir. A partir del segle ix, Trogir va començar a pagar tributs als senyors feudals croats. La diòcesi de Trogir fou fundada al segle xi (i abolida el 1828) i el 1107, la ciutat va rebre una carta del rei Coloman (Croàcia-Hongria), que l'hi atorgà l'autonomia municipal.

El 1123, la ciutat va ser conquerida i completament destruïda pels sarraïns. Trogir va trobar tanmateix la seva prosperitat econòmica per un temps als segles xii i xiii. El 1242, el rei Bela IV, fugint dels tàrtars, es va refugiar a la ciutat. En els segles XIII xiv, els membres de la família Subic van ser sovint escollits com a ducs pels ciutadans de Trogir. Mladen III (1348), segons una inscripció a la catedral de Trogir, va ser anomenat l'escut croat, sent un dels més cèlebres Šubićs.

El 1420 va començar un llarg període de domini venecià. Després de la caiguda de Venècia el 1797, Trogir va entrar en l'imperi austríac, a excepció d'una ocupació pel Primer Imperi Francès de 1806 a 1814, i posteriorment a l'austrohongarès dels Habsburg que va controlar la ciutat fins a 1918. Després de la Primera guerra mundial, Trogir, amb Croàcia, va ser integrada al si del Regne dels serbis, croats i eslovens, més tard denominat Regne de Iugoslàvia. En el transcurs de la Segona Guerra Mundial, Trogir va ser ocupada per Itàlia. Els habitants de la ciutat eren essencialment pro-aliats, i la ciutat va ser alliberada el 1944. Des d'aleshores, la ciutat ha format part de Iugoslàvia, i a partir de 1991, de Croàcia.