El rugbi arriba a Perpinyà l'octubre del 1886 amb la Union Athlétique du Collège de Perpignan. El primer club civil del Rosselló, el Stade Roussillonnais, es va fundar poc després, l'any 1896, i el 13 de setembre de 1902 es va crear l'avantpassat de l'actual club: l'Association Sportive Perpignanaise (ASP). L'abril del 1903, l'ASP bat l'equip de la Facultat de Veterinària de Tolosa en la lluita pel títol de campió del Sud de Deuxième Série, equiparable a la segona divisió francesa. Entre el 1905 i el 1911, el club va guanyar tots els campionats disputats al Llenguadoc.[1]

El 23 d'abril de 1911, l'ASP es converteix en campiona de la segona divisió francesa a Dole (Jura) en batre per 20-5 el Colombes i accedeix a l'elit del rugbi francès, condició que no perdrà fins al 2014. El 1912 va esclatar un conflicte en el club i el resultat va ser l'escissió promoguda per diversos jugadors i membres, inclòs el capità, Gilbert Brutus, que van crear l'Stade Olympien Perpignanais (SOP).[2]

El setembre del 1912 va arribar com a jugador i entrenador el gal·lès Rowland Griffiths, recent finalista de la final de la lliga francesa amb el Racing Club de França, que va portar el club a disputar una semifinal el 1913 i a guanyar el títol el 1914 contra el Tarbais Stadocest per 8-7. La transformació final que va donar la victòria als catalans la va aconseguir Aimé Giral, que al cap d'uns mesos moriria al front durant la Primera Guerra Mundial i que uns anys més tard va donar nom a l'estadi de la USAP.[3][4]

Per la seva banda, el SOP va esdevenir campió de França de la segona divisió el 1913. Durant la Primera Guerra Mundial, malgrat la suspensió del campionat, els jugadors no mobilitzats van continuar jugant per l'ASP amb el malnom de Diables Verds de Perpinyà i es van convertir en campions del Llenguadoc el 1916 contra el SOP, que va guanyar el títol l'any següent.[2]

La guerra va interrompre l'ascensió del club. El 1919, els dos equips de la ciutat es van fusionar i van crear la Union Sportive Perpignanaise (USP). El nou club va adoptar els cèlebres colors blau cel per a la samarreta, blanc per als pantalons i sang i or per als mitjons. Aquest canvi es va fer per homenatjar els jugadors del club morts durant la guerra del 1914 al 1918, ja que el color blau adoptat pel club era el dels uniformes que duien al front.

Va començar una època d'èxit per al club de Perpinyà, que es va consolidar com un dels més importants del campionat francès. El seu millor any va ser el 1921: els quatre equips del club es van proclamar campions del Llenguadoc i els equips I i II van ser campions de França. El seu segon campionat absolut de França el va guanyar davant l'Stade Toulousain a Besiers.

La USP va disputar tres finals consecutives, els anys 1924, 1925 i 1926. Va guanyar la segona enfront de l'AS Carcassonne i va perdre les altres dues contra el seu gran rival occità, el Tolosa. En aquell moment, el club dominava el rugbi a 15 francès, amb tres títols.

Durant aquells anys, a Perpinyà hi havia un segon club de rugbi a 15, el Club des Arlequins Perpignanais. El nom prové del fet que, en els seus inicis, l'equip era molt pobre i els jugadors, propietaris de la samarreta que duien, sovint no la podien canviar quan s'estripava i l'havien d'apedaçar amb trossos de teixit que no sempre eren del color desitjat. D'aquí ve la comparació amb el vestit d'un arlequí.

El 5 de maig de 1933, els dirigents dels dos clubs acorden finalment fusionar-se. És així com neix la Unió Esportista Arlequins de Perpinyà. El 1940 canvia de nom i passa a ser la Unió dels Esports Atlètics Perpinyanesos.

La USAP, com es coneixerà d'ara endavant, disputa dues noves finals, totes dues contra el Biarritz; una la va perdre, el 1935, i l'altra la va guanyar, el 1938. Un cinquè títol coronaria aquest període daurat el 1944, amb victòria contra el Baiona.

Paral·lelament, el Rosselló es va convertir en terra del rugbi a 13 des de la fi de la guerra. Aquest esport, prohibit pel règim de Vichy, es va reviscolar i va seduir el planter de la USAP. Deu campions de França del 1944 van passar així a professionals del rugbi a 13.

Malgrat tot, la USAP es reconstrueix i arriba dues vegades més a la final; el 1952, en què cau derrotada contra el FC Lourdes, que aleshores començava el seu període de domini, i el 1955, en què obté el sisè títol.

Tret d'una final perduda el 1977 contra l'AS Béziers, la USAP, pilar de la primera divisió, no desenvolupa durant un temps cap paper important. El darrer títol gran del club és un Challenge Yves du Manoir el 1994. A partir del 1997, el club torna al capdamunt del rugbi a 15 francès, però sense arribar a imposar-se. El 1998 disputa una nova final, la primera a l'Stade de France, guarnit per a l'ocasió amb el vermell i el groc, però perd contra l'Stade Français. Després, el 2000, sota la direcció d'Olivier Saïsset, antic entrenador i jugador de l'AS Béziers, el gran rival occità de proximitat, el club arriba sistemàticament a les fases finals del campionat, i disputa una nova final, el 2004, que perd contra l'Stade Français.

La USAP juga regularment la Copa d'Europa. Després d'una experiència el 1998-99, el club hi participa de manera ininterrompuda des del 2001, amb una final perduda el 2003 contra el Tolosa.

Saisset se'n va del club després de la derrota a la final del campionat del 2004 i el reemplacen Philippe Boher i Philippe Ducousso, que porten la USAP fins a la semifinal del campionat contra el Biarritz la temporada 2005-06 (9-12). El maig del 2006, Ducousso cedeix la plaça a Franck Azéma.

L'any 2002, la USAP va signar un conveni de col·laboració amb el Barcelona Universitari Club, pel qual l'equip de Barcelona passava a anomenar-se USAP-Barcelona. La temporada 2006-2007 va firmar un conveni de col·laboració amb el Barça.

El 6 de juny de 2009, a l'Stade de France de París, la USAP va tornar a aixecar l'escut de Brennus després de guanyar la seva setena lliga, aquesta vegada contra l'ASM Clermont Auvergne occitana, per 22-13. En un estadi ple de gom a gom i amb milers de seguidors catalans a les grades, l'equip de Jacques Brunel va trencar una sequera de més de mig segle gràcies a una magnífica segona part. La USAP, que havia quedat primera a la fase regular de la lliga, jugava la quinzena final en els seus més de cent anys d'història, de les quals n'havia guanyat sis.

Club «de foc», com se l'anomena sovint, per la passió que l'envolta, la USAP no sempre s'ha caracteritzat per l'estabilitat dels seus dirigents. Marcel Dagrenat, home de negocis arribat al club el 1996 i president a partir del 2000, va reeixir a modernitzar-lo i consolidar-lo quan estava amenaçat de perdre la categoria en el pla esportiu i tenia un greu dèficit financer com a entitat professional capaç de posicionar-se en els primers llocs tant a nivell francès com europeu. Va crear el holding USAP Per Sempre, principal accionista del club (amb aproximadament el 80% de les accions), del qual és el president, i també va presidir la societat anònima esportiva professional del club. Però, cansat de les baralles internes, sobretot amb l'associació que administra el sector dels aficionats del club, i criticat per la seva gestió, vista de vegades com a autocràtica, va abandonar el seu lloc l'octubre del 2006. Al cap d'un mes, però, el 23 de novembre del 2006, Dagrenat i el seu equip van tornar a agafar les regnes del holding USAP Per Sempre gràcies a les votacions de l'associació d'antics jugadors de la USAP (Amicale des Anciens), que no tenia més d'un 1% de les accions del holding, però que va ser decisiva. Dagrenat és soci de Jordi Pujol i Ferrusola, fill de l'antic president de Catalunya Jordi Pujol i Soley. El 2012 va arribar a la presidència l'empresari Daniel Besson.[5][6]

L'equip va estar de manera ininterrompuda a la primera divisió del rugbi francès entre el 1911 i el 2014, any en què va perdre la categoria i va ser relegat a la ProD2.[7] Després de ser campió de la ProD2 el 2018, l'equip va tornar a la divisió d'honor la temporada 2018-2019. Malauradament, la tornada al Top 14 va ser efímera, i, després d'una temporada amb només dues victòries, l'equip va quedar darrer i va tornar a baixar a la ProD2. La temporada 2019-2020, quan era segon de la classificació i estava en posicions de lluitar per l'ascens, es va suspendre la lliga per la pandèmia de COVID-19. La Lliga Nacional de Rugbi francesa va decidir, un cop suspesa la competició, que no hi hauria ascensos ni descensos i va condemnar la USAP a jugar un any més a la ProD2.

El juny del 2021 va aconseguir novament ascendir al Top 14 en derrotar el Biarritz Olímpic basc per 33 a 14; aquesta temporada fou campió de la lliga regular, guanyant 24 dels 30 partits.[8]

A les 2 temporades següents, la USAP va aconseguir mantenir la permanència a la màxima categoria defensant-la a partit únic final. El 2023 va jugar-se la permanència davant del FC Grenoble Rugby, guanyant per 19 a 33.[9]