Město bylo založeno koncem v roce 1488 a zpočátku prosperovalo především jako oáza a obchodní středisko na významné karavanní obchodní stezce vedoucí ze střední Asie přes Thárskou poušť ke gudžarátskému pobřeží.

Město bylo pojmenováno podle svého zakladatele: Rao Bika (nejstarší syn Raa Džódhy, který založil Džódpur) zde založil i pevnost. Nejstarší dochovanou pevností ve městě je ale až pevnost Džunágarh, která je až ze šestnáctého století.

Zároveň se podle Raa Biky jmenoval i stát Bíkáner, který existoval v letech 1465 až 1949 (od roku 1818 jako jeden z knížecích států Britské Indie) a jehož hlavním městem bylo právě město Bíkáner.