Højsynagogen (tjekkisk: Vysoká synagoga) blev finansieret af Mordechai Maisel, og den stod færdig i 1568, samme år som den jødiske by Hal. Sandsynligvis er det modelleret efter High Synagogue, Kraków, som blev bygget i 1556 i Polen. Huset er tegnet af P. Roder i renæssancestil (tilsynsførende bygmester var mester Rada). Det var designet som et forkyndelsessted for rådmænd på det jødiske rådhus. I midten var der bimah, omgivet af sæder. Mordechai Maisel gav Tora-stykker og sølvværktøj til synagogen. Stukloftet var gotisk ribbet hvælving.

I 1689 blev det ødelagt af den store brand. Synagogen blev rekonstrueret.

I 1883 blev synagogen genopbygget af J. M. Wertmüller. Under denne modifikation blev facaden forenklet til det moderne udseende.

I 1907 blev den østlige indgang lukket, og der blev lavet en ny indgang ud mod Røde Gade (Červená ulice).

Andre rekonstruktioner fandt sted i 1961, 1974-79 og 1982.

Under det nazistiske og kommunistiske styre var synagogen en del af det jødiske museum, og der var en udstilling af gamle hebraiske bøger.