Lahore besaß – neben Delhi, Agra und Fatehpur Sikri – einen der vier Herrschaftspaläste der Mogulkaiser. Aurangzeb entschloss sich, auch diesen Ort mit einer repräsentativen Moschee auszustatten, doch überwachte er die Arbeiten nicht selbst, sondern überließ diese Aufgabe einem Beauftragten. Im Jahr 1799 wurde die Stadt vom Ranjit Singh, dem Anführer der aufständischen Sikhs eingenommen – dieser beschlagnahmte die Kultstätte und wandelte die äußere Umrandung des riesigen Moscheehofs in Pferdeställe um; andere Teile dienten als Waffenmagazine sowie als Lager- und Studierräume. Bereits vor oder aber während des Ersten Sikh-Kriegs (1845/46) wurden die Minarette der Moschee in Teilen niedergerissen um fortan als Plattformen für leichte Kanonen und Scharfschützen zu dienen. Im Jahr 1852 installierten die Briten die Badshahi Mosque Authority, welche die Restaurierung der Kultstätte übernehmen sollte, doch bis zum Jahr 1939 passierte in dieser Hinsicht nur wenig.

Anlässlich der 2. Islamischen Gipfelkonferenz in Lahore (1974) trafen die Führer der islamischen Staaten – darunter der pakistanische Staatspräsident Zulfikar Ali Bhutto, Libyens Staatsoberhaupt Muammar al-Gaddafi, König Faisal von Saudi-Arabien und der Palästinenserführer Jassir Arafat – zum gemeinsamen Gebet in der Badshahi-Moschee zusammen.