Der strategisch bedeutsame Platz scheint schon in der Antike besiedelt gewesen zu sein. Im 10. Jahrhundert entstand eine Burg (castell), zu deren Füßen sich der Ort entwickelte. Seit dem ausgehenden 9. Jahrhundert war Besalú die Hauptstadt einer unabhängigen Grafschaft, die jedoch im Jahr 1111 in der Grafschaft Barcelona aufging. Besalú bildete eine Station auf dem durch Katalonien führenden Pilgerweg nach Santiago de Compostela; es entstand ein Hospital (Casa Cornellà). Auch eine nicht unbedeutende jüdische Gemeinde existierte hier.