Ab 1458 suchten die Kartäusermönche des Klosters von El Paular in Kastilien einen passenden Ort zur Errichtung eines neuen Klosters[1]. Der Prior des Kartäuserklosters Cuecas in Sevilla, Juan Padilla – er war auch Ordensvisitator – wandte sich schließlich 1506 an Gonzalo Fernández de Córdoba um Unterstützung für einen passenden Standort. Dieser schlug das Gelände der ehemaligen maurischen Sommerresidenz namens Aynadamar (deutsch: Quelle der Tränen) dafür vor.

1513 erfolgte in Loja die Übergabe der Grundstücke und damit der Baubeginn, der anfangs von Gonzalo Fernández de Córdoba unterstützt wurde. Nach dessen Tod im Jahr 1515 wurde der Bau für einige Jahre unterbrochen und erst 1519 fortgesetzt. Erst 1545 wurde der Bau offiziell von den Kartäusern unter dem Namen Nuestra Señora de la Asunción de la Cartuja (Mariä Himmelfahrt) vom obersten Prior Padre Rodrigo de Valdepeñas (* 1506; † 1560) übernommen. Die Klosterkirche wurde erst 1662 fertiggestellt.

Von ehemaligen Kloster sind nur die heute sichtbaren Teile erhalten geblieben, denn durch französische Truppen wurden 1824 Werkstätten, der große Kreuzgang, Mönchszellen und der Friedhof zerstört. Durch die Säkularisation 1836 wurden weitere Kirchenschätze geraubt. Das Haus des Priors mit seinem schönen Innenhof und Garten wurde 1943 zerstört.

Das Kloster wurde bis 1835 bewohnt, dann wurden die Mönche daraus vertrieben. Heute gehört das Kloster nicht mehr dem Kartäuserorden, sondern untersteht direkt dem Erzbischof von Granada.