Der Ortsname geht auf einen alten Übergang über die Kander zurück, der zum Gemmi- und Lötschenpass führte. Diese Pässe ermöglichten bereits den Römern die Alpenüberquerung vom Wallis ins Berner Oberland. Die früheste erhaltene Erwähnung findet Kandersteg 1374 als Übernachtungsgelegenheit an der von Italien über den Lötschenpass kommenden Gewürzhandelsroute. Vom Handelsverkehr über die Gemmi zeugt auch das Zollhaus im Schwarenbach.

Der Bau der ersten Dorfkirche wurde 1511 begonnen. Das berühmteste Haus im Kandertal ist das reichverzierte Ruedi-Haus, erbaut 1753 für den Landsvenner Peter Germann.

Kandersteg gehörte bis 1850 zur Gemeinde Frutigen und bildete danach mit Kandergrund die Gemeinde Kandergrund. 1908 wurde Kandersteg eine eigenständige Gemeinde, das ursprüngliche Gemeindegebiet Kandergrund von total 16'665 ha wurde aufgeteilt: 3'207 ha gingen an Kandergrund und 13'458 ha erhielt Kandersteg.

Der Bau des Lötschbergtunnels von 1906 bis 1913 schuf eine wichtige Nord-Süd-Verbindung und bildete die Grundlage für den noch heute viel genutzten Autoverlad der Lötschbergbahn. Der Anschluss an das Bahnnetz förderte den Tourismus; viele der heutigen Hotels und Pensionen wurden in dieser Zeit gebaut. Vor dem Ersten Weltkrieg verfügte Kandersteg bereits über 30 Hotels und Pensionen mit insgesamt mehr als 1'300 Betten.

1923 gründete der Pfadfinderweltverband WOSM mit dem Pfadfinderzentrum Kandersteg eine der ersten dauerhaften internationalen Begegnungsstätten für Pfadfinder. Auf dem Gelände des Zentrums treffen heutzutage jedes Jahr rund 10'000 Pfadfinder zusammen.

Die katholische Marienkirche wurde 1927 geweiht.

In den 1980er-Jahren wurde der Schweizer Regierungsbunker, genannt Führungsanlage K20 (Kaverne 20), auf dem Gebiet der Gemeinde Kandersteg errichtet.[1]

1991 wurde in Kandersteg das theravada-buddhistische Kloster Dhammapala gegründet.