Die Errichtung des Tempels begann 1890, er konnte nach mehr als zwanzigjähriger Bauzeit eingeweiht werden. Im Jahr 1930 wurde die Pagode der 10.000 Buddhas fertiggestellt, die über mehrere Jahrzehnte die prägende Struktur der Anlage blieb. Umfangreiche Spenden, insbesondere aus der unternehmerisch erfolgreichen chinesischen Bevölkerung Malaysias, ermöglichten jedoch einen weiteren Ausbau der Anlage, der auch bis zum heutigen Tage nicht abgeschlossen ist.

In diesem Sinne ist der Kek Lok Si ein Tempel, dessen Bauphase noch immer andauert. Im Jahr 2002 konnte eine 30 m hohe Bronzestatue eingeweiht werden, die gemeinsam mit der Pagode nachhaltig das Erscheinungsbild des Tempels prägt. Von 2005 bis 2009 wurde ein Pavillon zum Schutz der Statue erbaut. Die aufwändige Konstruktion ruht auf 16 mit Reliefs geschmückten sogenannten Drachensäulen und besteht aus drei konzentrischen oktogonalen Dächern. Die festliche Einweihung des neuen Gebäudes fand am 6. Dezember 2009 statt.