Zu Beginn des 2. Jahrtausends v. Chr. war der Ort das Zentrum der Kerma-Kultur, einer vorgeschichtlichen Kultur, die sich zu einem Königreich mit bedeutendem Einfluss entwickelte. Zentrale Anlage der Stadt war ein großer massiver Lehmziegelbau, der heute als untere oder westliche Deffufa (nubisch „Backsteinruine“) bezeichnet wird. Die Funktion des 19 Meter hohen und weithin sichtbaren Bauwerkes ist umstritten, es handelte sich entweder um einen Palast oder einen Tempel. Neben zahlreichen Wohnbauten konnten auch große Grabanlagen aus dieser Zeit ausgegraben werden, die offensichtlich den Königen dienten. Diese Anlagen waren rund. Es fanden sich Belege für Menschenopfer. Es konnten zahlreiche ägyptische Objekte gefunden werden, die einerseits sicherlich gehandelt worden sind, andererseits vielleicht bei Kriegszügen erbeutet wurden. Beim Niedergang des Reiches wurde Kerma von den Ägyptern eingenommen.

Die ägyptische Stadt blühte bis an das Ende der meroitischen Periode. Es handelt sich um das aus den Quellen bekannte Pnubs.

Zentrum der Stadt war ein Amuntempel, der unter Thutmosis IV. erbaut wurde, obwohl es hier wohl schon ältere Bebauungen gab. Unter Echnaton wurde der Bau in einen Atontempel umgewandelt. In der 25. Dynastie wurde der Tempel unter Schabaka vollkommen umgebaut. Aus der Zeit von Aspelta stammt ein Versteck, in dem sich sieben Statuen nubischer Herrscher fanden, die heute im Museum von Kerma ausgestellt sind. Weitere Bauarbeiten fanden unter Arikamaninote statt.

In der meroitischen Periode wurde die ganze Tempelanlage nochmals vollkommen umgebaut. Es wurden jetzt vor allem gebrannte Ziegel als Baumaterial benutzt. Der Ort wurde um 400 n. Chr. verlassen.