Das Gebiet des Parks wurde bereits seit 10.000 Jahren von den Ktunaxa (Kootenay) and Kinbasket (Shuswap) First Nations als Jagdgebiet genutzt. Die heißen Quellen von Radium Hot Springs waren den Ureinwohnern schon bekannt, und die Paint Pots waren für die First Nations ein heiliger Ort, an dem sie aus dem Ockerschlamm Farbstoff zum Färben der Stoffe oder zur Kriegsbemalung gewannen. Der erste, namentlich bekannte Weiße in dem Gebiet war der Gouverneur der Hudson’s Bay Company George Simpson auf seiner Weltreise 1841. Ab 1912 wurde der Bau einer ersten Autostraße von Calgary nach Windermere über die kanadischen Rocky Mountains geplant. Da die Provinz British Columbia die Baukosten nicht übernehmen konnte, wurde 1919 eine Vereinbarung zwischen der Provinz und der Bundesregierung geschlossen, in der die Bundesregierung den Bau des Highways übernahm. Im Gegenzug stellte die Provinz acht Kilometer Land auf beiden Seiten entlang der Straße als Nationalpark zur Verfügung. Der Park wurde am 21. April 1920 als Kootenay Dominion Park gegründet, der Highway wurde 1923 eröffnet. Der Name des Parks geht auf den im Park entspringenden Kootenay River zurück. 1923 wurden bei Radium Hot Springs die ersten Gebäude für die Parkverwaltung gebaut, im selben Jahr eröffnete die Canadian Pacific Railroad das Vermilion River Camp, die heutige Kootenay Park Lodge. Mit dem National Park Act von 1930 wurde der Park in Kootenay-Nationalpark umbenannt. Seit 1985 gehört der Park zusammen mit den Nationalparks Jasper, Banff und Yoho zum Weltnaturerbe der UNESCO.

Anfang 2014 wurde die Entdeckung einer Fundstelle von Fossilien aus dem Kambrium im Kootenay-Nationalpark, südlich der bisher bekannten Fundstelle bei Fields im Yoho-Nationalpark, bekannt. In einer nur 15 Tage dauernden Ausgrabung eines Teams des Royal Ontario Museum und verschiedener Universitäten wurden am neuen Fundort aus dem Burgess-Schiefer die Fossilien von 50 Tierarten ausgegraben. Dabei ist bei der von Arthropoden dominierten Ansammlung die hohe Dichte und Vielfalt an Fossilien mit weichem Körper sowie der große Anteil an neuen Arten bemerkenswert.[1][2]