Im Frühmittelalter entwickelte sich Kruja zwischen dem 6. und 9. Jahrhundert von einer mittelgroßen Burgsiedlung zu einem urbanen Zentrum. Davon zeugen Artefakte aus dieser Zeit, die in Gräbern gefunden wurden und den hohen gesellschaftlichen Status sowie den Reichtum der Beigesetzten.[1] Im 9. Jahrhundert war die Stadt Sitz eines Bischofs namens David, der als Teilnehmer am Vierten Konzil von Konstantinopel bezeugt ist.

1190 begründete Progon das Fürstentum Arbanon mit der Burg Kruja als Herrschaftszentrum. Es war das erste von einem albanischen Adligen beherrschte Fürstentum. 1415 wurde Kruja durch die von Sultan Mehmed I. geführten osmanischen Truppen erobert.[2] In der Mitte des 15. Jahrhunderts eroberte Skanderbeg mit seiner Liga von Lezha die Stadt zurück und verteidigte von der Festung aus Albanien mehrere Jahrzehnte gegen die vordringenden Osmanen. Diese griffen die Burg danach wiederholt an, so zum Beispiel bei der monatelangen, aber erfolglosen Ersten Belagerung im Jahr 1450. Erst nach dem Tod von Skanderbeg konnten die Türken 1478 Kruja und ganz Albanien vollständig besetzen und mehr als 400 Jahre beherrschen. Im 16. Jahrhundert wurde die Basar-Moschee errichtet, die noch heute steht. 1617 wurde das mittelalterliche Kruja durch ein starkes Erdbeben verwüstet.

Kruja war ein Zentrum der Bektaschiten Albaniens. Es gab mehrere Tekken, von denen die Dollmatekke in der Burg noch erhalten ist. Auf dem Berg oberhalb der Stadt liegt in einer Höhle eine der mutmaßlichen Grabstätten Sari Saltiks, eines Heiligen des Bektaschi-Ordens, die von Pilgern verschiedener Glaubensrichtungen aufgesucht wird. Sari Saltik soll in Kruja gewirkt haben.[3][4]

1946 wurde das erste Krankenhaus und 1948 eine Poliklinik errichtet. Zwischen 1968 und 1969 wurden ein Medizinlabor und eine Chirurgie-Abteilung angebaut. 1970 wurde das Rektorat für Hygiene und Epidemiologie des Kreises Kruja gegründet. Zwischen 1977 und 1979 wurde ein neues Krankenhaus gebaut. 1986 öffnete das Geburtshilfe- und Gynäkologie-Spital seine Türen. 2008 wurde das ältere Krankenhaus erneuert und nach seinem ersten Direktor Stefan Gjoni benannt.