Im Jahr 1987 wurden in La Pedriza bronzezeitliche Höhlenmalereien gefunden, die auf die Zeit zwischen 1400 und 1200 v. Chr. datiert werden. Sowohl aus keltischer als auch aus römischer und islamischer Zeit fehlen bislang archäologisch verwertbare Zeugnisse. Im 10. Jahrhundert und insbesondere nach der Rückeroberung (reconquista) Toledos (1085) wurde die Gegend von Christen aus dem Norden, aber auch aus dem Süden der Iberischen Halbinsel (mudéjares) wiederbesiedelt. Zwischen den Neusiedlern kam es zu Konflikten, die erst gelöst wurden, als König Alfons X. das Gebiet und weitere strittige Gemeinden der Krone einverleibte und es El Real de Manzanares nannte. Ende des 14. Jahrhunderts übergab Juan I. das Gebiet an Don Pedro González de Mendoza und im 15. und 16. Jahrhunderten erlebte El Real de Manzanares seine glanzvollste Zeit.

Manzanares ist die Wiege der Madrilenischen Autonomie, denn im Jahr 1982 fand in der Burg von Manzanares der Gründungsakt der Autonomen Gemeinschaft Madrid statt.