Die ersten Bewohner der Insel waren im 15. Jahrhundert Swahili und indische Händler. Später war Nosy Be, damals Assada genannt, Anziehungspunkt für Flüchtlinge und Händler. Ein englischer Stützpunkt wurde 1649 aufgegeben. 1839 floh Tsiomeko, die letzte Königin (1828–1843) des im Nordwesten von Madagaskar gelegenen Königreichs Bonia, nach Nosy Be. Bonia wurde 1840 vom Merina-Königreich unter Ranavalona I. annektiert. Tsiomeko hatte ihre Ansprüche, auch auf Nosy Be, an Frankreich abgetreten.[1]

Von 1824 bis 1846 flohen rund 15.000 Sakalava vor den Kämpfen mit den Merina nach Nosy Be. 1842 wurde die Insel von Frankreich besetzt. Sie profitierte als Handelsstützpunkt auf dem Weg nach Sansibar. Ein Aufstand der Sakalava 1848/49 gegen den Versuch der Franzosen, den Sklavenhandel abzuschaffen, bedeutete für Nosy Be einen kurzzeitigen wirtschaftlichen Rückschlag. Um die geflohenen Händler zur Rückkehr zu bewegen, wurde die Insel von Frankreich zum Freihafen erklärt.[2]

Während des Russisch-Japanischen Krieges musste das Zweite russische Pazifikgeschwader unter dem Oberkommando des Admirals Sinowi Petrowitsch Roschestwenski auf der Fahrt zum Entsatz der in Port Arthur eingeschlossenen russischen Streitkräfte wegen dringender Reparaturen unfreiwilligen Aufenthalt bei Nosy Be einlegen. 25 Kriegsschiffe mit fast 10.000 Matrosen und Begleitschiffen lagen, mit Erlaubnis Frankreichs, wochenlang in der Bucht von Hell-Ville und warteten auf Verstärkung durch das Dritte russische Pazifikgeschwader unter Admiral Nikolai Iwanowitsch Nebogatow.[3]

Die Bucht, in der die Flotte ankerte, heißt heute „Russian Bay“. Während der Wartezeit brachen Krankheiten auf den Schiffen aus, ein leckes Transportschiff sank.[4] Einige umgekommene russischen Seeleute wurden auf dem Friedhof von Hell-Ville begraben, andere erhielten vor der Bucht eine Seebestattung.[5] Ein Kriegerdenkmal auf der Insel erinnert daran.[6] Andere unbestätigte Berichte erzählen, ein Schiff sei zurückgelassen worden, der letzte der vergessenen Seeleute erst 1936 gestorben.[7] Das Transportschiff Malaya wurde mit Straffälligen, Erkrankten, Selbstverstümmlern und Geisteskranken zurück nach Russland geschickt.[5] Die eintreffenden Nachrichten vom Petersburger Blutsonntag und der russischen Niederlage in der Schlacht von Mukden demoralisierten die russischen Seeleute zusätzlich.[5] Die Ereignisse dieser Wochen dienten offenbar auch als Vorlage für das Lied Wir lagen vor Madagaskar. Einen stichhaltigen Beleg für einen Zusammenhang gibt es jedoch nicht.