Zelve war wohl schon zu römischer Zeit besiedelt und diente im Laufe der Zeit auch Byzantinern, Seldschuken, Osmanen, Griechen und Türken als Unterkunft. Neben diversen Kirchen ist auch eine Moschee vorhanden. Erst 1953, nachdem durch Erdbeben und Erosion immer mehr der Höhlen einstürzten, wurden die letzten Bewohner in ein mit staatlicher Hilfe neu gebautes Dorf mit Namen Yeni Zelve (Neu-Zelve, heute Aktepe) umgesiedelt. 1967 wurde das Gelände zum Museum erklärt.