Το Ανεμούριον ιδρύθηκε από Έλληνες ως λιμάνι υπαγόμενο διοικητικά στη Νάγιδο. Εκτός από την πρώτη γραπτή αναφορά του 4ου αι. π.Χ., δεν υπάρχουν άλλα τεκμήρια για την εποχή της ίδρυσής του. Τα πρώτα υλικά δεδομένα προέρχονται από τις αρχές του 3ου αι. π.Χ. και αφορούν δύο νομίσματα του Δημητρίου Πολιορκητή (294-288 π.Χ.).[1] Η ιστορία της πόλης κατά τους Ελληνιστικούς χρόνους είναι συγκεχυμένη. Στα τέλη του 4ου αι. π.Χ. ανήκε στις παράλιες μικρασιατικές κτήσεις του Πτολεμαίου Α΄. Η κυριαρχία του Πτολεμαίου στη νότια ακτή της Κιλικίας έληξε το 197 π.Χ. όταν, σύμφωνα με τον Ιερώνυμο, ο Αντίοχος Γ΄ ́κατέλαβε αρκετές πόλεις, ανάμεσά τους και το Ανεμούριον.[2]

Η πόλη καταλήφθηκε από την αρχαία Ρώμη. To 38 μ.Χ, ο Ρωμαίος αυτοκράτορας Γάιος Καλιγούλας έδωσε την Κιλικία και τμήμα της Λυκαονίας στον υποτελή ηγεμόνα, Αντίοχο Δ΄ της αυτοκρατορίας των Σελευκιδών. Κατά συνέπεια, το Ανεμούριον υπάχθηκε διοικητικά στο ημιαυτόνομο κράτος της Κομμαγηνής που βρισκόταν μεταξύ Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και παρθικού βασιλείου. Με τον Αντίοχο Δ΄ αρχίζει η περίοδος ευημερίας του Ανεμουρίου. Στα πλαίσια της ρωμαϊκής ειρήνης αναδείχθηκε σε σημαντικό λιμάνι της ανατολικής Μεσογείου. Έκοψε για πρώτη φορά τοπικά νομίσματα και αντικατέστησε τη Νάγιδο ως κέντρο της περιοχής αποκτώντας τον έλεγχο της παράκτιας πεδιάδας.[3]

Στη διάρκεια της Ελληνιστικής και Πρώιμης Ρωμαϊκής περιόδου, το Ανεμούριον, λόγω της θέσης του, έγινε πολλές φορές στόχος πειρατών, ενώ διέτρεχε κινδύνους και από τις επιδρομές των γύρω ορεινών φυλών. Μια τέτοια φυλή, από την περιοχή της Κητίδος, πολιόρκησε την πόλη το 51-52 μ.Χ.[4]

Το 72 μ.Χ., ο αυτοκράτορας Βεσπασιανός εκθρόνισε τον Αντίοχο Δ΄ και η πόλη περιήλθε πάλι στη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία, υπαγόμενη διοικητικά στην επαρχία της Κιλικίας. Η Μέση Αυτοκρατορική περίοδος (2ος-3ος αι. μ.Χ.) είναι η εποχή της ακμής του Ανεμουρίου όπως αποδεικνύουν τα οικοδομικά κατάλοιπα, τα κινητά αρχαιολογικά ευρήματα και ένας μεγάλος αριθμός επιγραφών και τοπικών νομισματικών κοπών. Η ευημερία του Ανεμουρίου ανακόπηκε το 260 μ.Χ., όταν καταλήφθηκε από τους Πέρσες μεγάλο μέρος της Κιλικίας Τραχείας, μετά τη νίκη του Σασσανίδη βασιλιά, Σαπώρη Α΄ επί του αυτοκράτορα Βαλεριανού.[5] Με την αναδιάρθρωση των επαρχιών επί Διοκλητιανού, το Ανεμούριον πέρασε διοικητικά στην επαρχία Ισαυρίας, με κέντρο την Μοψουεστία.[6]