Ο Χούστο Σιέρα, ιδρυτής του Εθνικού Πανεπιστημίου του Μεξικού στην τρέχουσα ενσάρκωσή του. Ο Χοακίν Εγκία Λις, ο πρώτος πρύτανης του πανεπιστημίου.

Η ίδρυσή του χρονολογείται από το 1551, όταν ο Κάρολος Α΄, βασιλιάς της Ισπανίας (Κάρολος E΄ της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας) διέταξε την ίδρυση του Πανεπιστημίου του Μεξικού.[1] τότε υπουργό Παιδείας στο καθεστώς Πορφίριο Ντίας, ο οποίος προσπάθησε να δημιουργήσει ένα πολύ διαφορετικό ίδρυμα από τον πρόδρομό του του 19ου αιώνα, το Βασιλικό και Ποντιφικό Πανεπιστήμιο του Μεξικού, το οποίο είχε ιδρυθεί στις 21 Σεπτεμβρίου 1551 με βασιλικό διάταγμα που υπογράφηκε από τον διάδοχο του θρόνου Φίλιππο Β΄ της Ισπανίας για λογαριασμό του Καρόλου Α΄ της Ισπανίας[2] και έκλεισε οριστικά το 1865 από τον Μαξιμιλιανό Α΄ του Μεξικού.[3][4] Αντί να αναβιώσει αυτό που έβλεπε ως ένα αναχρονιστικό ίδρυμα με ισχυρούς δεσμούς με τη Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία,[5] στόχευσε να συγχωνεύσει και να επεκτείνει τα αποκεντρωμένα κολέγια τριτοβάθμιας εκπαίδευσης της Πόλης του Μεξικού (συμπεριλαμβανομένων των πρώην σχολών του παλιού πανεπιστημίου) και να δημιουργήσει ένα νέο πανεπιστήμιο. κοσμικής φύσης και εθνικής εμβέλειας, που θα μπορούσαν να αναδιοργανώσουν την τριτοβάθμια εκπαίδευση εντός της χώρας, να λειτουργήσουν ως πρότυπο θετικισμού και να συμπεριλάβουν τις ιδέες του κυρίαρχου μεξικανικού φιλελευθερισμού.[6]

Το έργο αρχικά ενοποίησε τις σχολές Καλών Τεχνών, Επιχειρήσεων, Πολιτικών Επιστημών, Νομολογίας, Μηχανικής, Ιατρικής, Κανονικής και των Εθνικών Προπαρασκευαστικών Σχολών.[7] Ο πρώτος του πρύτανης ήταν ο Χοακίν Εγκία Λις.[8]

Οι προκλήσεις του νέου πανεπιστημίου ήταν κυρίως πολιτικές, λόγω της συνεχιζόμενης Μεξικανικής Επανάστασης και του γεγονότος ότι η ομοσπονδιακή κυβέρνηση είχε άμεσο έλεγχο στις πολιτικές και το πρόγραμμα σπουδών του πανεπιστημίου. Ορισμένοι αντιστάθηκαν στην ίδρυσή του για φιλοσοφικούς λόγους. Αυτή η αντίθεση οδήγησε σε διαταραχές στη λειτουργία του πανεπιστημίου, όταν η πολιτική αστάθεια ανάγκασε τις παραιτήσεις της κυβέρνησης, συμπεριλαμβανομένης αυτής του προέδρου Ντίας. Εσωτερικά, η πρώτη φοιτητική απεργία έγινε το 1912 για να διαμαρτυρηθεί για τις μεθόδους εξέτασης που εισήγαγε ο διευθυντής της Νομικής Σχολής, Λουίς Καμπρέρα Λομπάτο. Μέχρι τον Ιούλιο του ίδιου έτους, η πλειοψηφία των φοιτητών της Νομικής αποφάσισε να εγκαταλείψει το πανεπιστήμιο και να ενταχθεί στη νεοσύστατη Ελεύθερη Σχολή Νομικής.[8]

Το 1914, οι αρχικές προσπάθειες για την απόκτηση αυτονομίας του πανεπιστημίου απέτυχαν.[8] Το 1920, ο Χοσέ Βασκονσέλος έγινε πρύτανης. Το 1921, δημιούργησε το οικόσημο του σχολείου: την εικόνα ενός αετού και ενός κόνδορα που περιβάλλουν έναν χάρτη της Λατινικής Αμερικής, από τα βόρεια σύνορα του Μεξικού μέχρι τη Γη του Πυρός και το σύνθημα «Το Πνεύμα θα μιλήσει για τον λαό μου». Οι προσπάθειες για την απόκτηση αυτονομίας για το πανεπιστήμιο συνεχίστηκαν στις αρχές της δεκαετίας του 1920. Στα μέσα της δεκαετίας του 1920, το δεύτερο κύμα απεργιών των φοιτητών αντιτάχθηκε σε ένα νέο σύστημα βαθμολόγησης. Οι απεργίες περιλάμβαναν μεγάλες αποχωρήσεις στην τάξη της νομικής σχολής και αντιπαράθεση με την αστυνομία στην ιατρική σχολή. Οι απεργοί φοιτητές υποστηρίχθηκαν από πολλούς καθηγητές και οι επακόλουθες διαπραγματεύσεις οδήγησαν τελικά στην αυτονομία του πανεπιστημίου. Το ίδρυμα δεν ήταν πλέον εξαρτόμενο από τη Γραμματεία Δημόσια Εκπαίδευσης. Ο πρύτανης του πανεπιστημίου έγινε η τελική αρχή, εξαλείφοντας μεγάλο μέρος της μπερδεμένης επικάλυψης στην εξουσία.[9]

Στις αρχές της δεκαετίας του 1930, πρύτανης του ΕΑΠΜ ήταν ο Μανουέλ Γκόμες Μορίν. Η κυβέρνηση προσπάθησε να εφαρμόσει τη σοσιαλιστική εκπαίδευση στα πανεπιστήμια του Μεξικού, στην οποία ο Γκόμες Μορίν, πολλοί καθηγητές και οι Καθολικοί αντιτάχθηκαν ως παραβίαση της ακαδημαϊκής ελευθερίας. Ο Γκόμες Μορίν με την υποστήριξη της φοιτητικής ομάδας που ιδρύθηκε από τους Ιησουίτες, Unión Nacional de Estudiantes Católicos, πολέμησε με επιτυχία ενάντια στη σοσιαλιστική εκπαίδευση. Το ΕΑΠΜ υποστήριξε την αναγνώριση των ακαδημαϊκών πιστοποιητικών από τα καθολικά προπαρασκευαστικά σχολεία, τα οποία επικύρωσαν την εκπαιδευτική τους λειτουργία. Το ΕΑΠΜ έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ίδρυση του θεσμού των Ιησουιτών το 1943, το Universidad Iberoamericana το 1943.[10] Ωστόσο, το ΕΑΠΜ αντιτάχθηκε στις πρωτοβουλίες στο Universidad Iberoamericana τα μετέπειτα χρόνια, αντιτιθέμενοι στην ίδρυση μεγάλων εταιρειών στις εργασιακές σχέσεις και τις επικοινωνίες.[11]

Το 1943, ελήφθησαν οι αρχικές αποφάσεις να μεταφερθεί το πανεπιστήμιο από τα διάφορα κτίρια που καταλάμβανε στο κέντρο της πόλης σε μια νέα και ενοποιημένη πανεπιστημιούπολη, τη νέα Ciudad Universitaria (Πόλη του Πανεπιστημίου), που βρίσκεται στο Σαν Άνγκελ, στα νότια της πόλης.[12] Η πρώτη πέτρα που τοποθετήθηκε ήταν αυτή της σχολής Θετικών Επιστημών, το πρώτο κτίριο της Ciudad Universitaria. Ο Πρόεδρος Μιγέλ Αλεμάν συμμετείχε στην τελετή στις 20 Νοεμβρίου 1952. Την ίδια μέρα εγκαινιάστηκε το Πανεπιστημιακό Ολυμπιακό Στάδιο. Το 1957 δημιουργήθηκε το Διδακτορικό Συμβούλιο για τη ρύθμιση και την οργάνωση μεταπτυχιακών σπουδών.[13]

 Άποψη της Κεντρικής Βιβλιοθήκης, περίπου το 1974.

Μια άλλη μεγάλη απεργία των φοιτητών, πάλι λόγω των κανονισμών των εξετάσεων, έλαβε χώρα το 1966. Οι φοιτητές εισέβαλαν στην πρυτανεία και ανάγκασαν τον πρύτανη να παραιτηθεί. Το Συμβούλιο των Αντιβασιλέων δεν έκανε δεκτή αυτή την παραίτηση και έτσι οι καθηγητές προχώρησαν σε απεργία, παραλύοντας το πανεπιστήμιο και αναγκάζοντας την αποδοχή του ΔΣ. Το καλοκαίρι, σημειώθηκαν βίαια κρούσματα σε μια σειρά από τις πανεπιστημιουπόλεις των συνεργαζόμενων με το πανεπιστήμιο προπαρασκευαστικών σχολείων. Η αστυνομία κατέλαβε πολλές πανεπιστημιουπόλεις λυκείων, όπου υπήρξαν τραυματισμοί.

Φοιτητές στο ΕΑΠΜ, μαζί με άλλα πανεπιστήμια της Πόλης του Μεξικού, κινητοποιήθηκαν σε αυτό που ονομάζεται Μεξικό 68, διαμαρτυρίες ενάντια στους Ολυμπιακούς Αγώνες της Πόλης του Μεξικού το 1968, αλλά και για μια ολόκληρη σειρά πολιτικών και κοινωνικών εντάσεων. Τον Αύγουστο του 1968, σχηματίστηκαν διαδηλώσεις στην κεντρική πανεπιστημιούπολη ενάντια στις ενέργειες της αστυνομίας στην κεντρική πανεπιστημιούπολη και στο κέντρο της πόλης. Οι διαδηλώσεις εξελίχθηκαν σε φοιτητικό κίνημα που ζητούσε μεταξύ άλλων την παραίτηση του αρχηγού της αστυνομίας. Ακολούθησαν περισσότερες διαμαρτυρίες το Σεπτέμβριο, με συχνότητα και μεγάλους αριθμούς. Κατά τη διάρκεια μιας συνάντησης των ηγετών των φοιτητών, ο στρατός πυροβόλησε το κτίριο Τσιουάουα στο Τλατελόλκο, όπου υποτίθεται ότι βρισκόταν η φοιτητική οργάνωση. Στη Σφαγή του Τλατελόλκο, η αστυνομική δράση είχε ως αποτέλεσμα πολλούς νεκρούς, τραυματίες και κρατούμενους. Οι διαδηλώσεις συνεχίστηκαν και αργότερα. Μόλις δέκα μέρες αργότερα, οι Ολυμπιακοί Αγώνες του 1968 άνοιξαν στο Πανεπιστημιακό Στάδιο. Το πανεπιστήμιο έκλεισε για όλη τη διάρκεια των αγώνων.[14]

Στις δεκαετίες του 1970 και του 1980 άνοιξαν δορυφορικές πανεπιστημιουπόλεις σε άλλα μέρη του Μεξικού και σε κοντινές περιοχές, για την αποκέντρωση του συστήματος. Υπήρξαν κάποιες μικρές φοιτητικές απεργίες, κυρίως όσον αφορά τη βαθμολόγηση και τα δίδακτρα.[15][16]

Η τελευταία μεγάλη φοιτητική απεργία στο πανεπιστήμιο έλαβε χώρα το 1999-2000, όταν οι φοιτητές έκλεισαν την πανεπιστημιούπολη για σχεδόν ένα χρόνο για να διαμαρτυρηθούν για την πρόταση να χρεωθούν οι φοιτητές με 150 δολάρια ΗΠΑ ανά εξάμηνο για όσους είχαν την οικονομική δυνατότητα. Διεξήχθησαν δημοψηφίσματα τόσο από το πανεπιστήμιο όσο και από τους απεργούς, αλλά καμία πλευρά δεν αποδέχτηκε τα αποτελέσματα των άλλων. Ενεργώντας με εντολή δικαστή, η αστυνομία εισέβαλε στα κτίρια που κατείχαν οι απεργοί στις 7 Φεβρουαρίου 2000, δίνοντας τέλος στην απεργία.[17][18][19]

Το 2009, το πανεπιστήμιο τιμήθηκε με το Βραβείο Πριγκίπισσα των Αστουριών για την Επικοινωνία και τις Ανθρωπιστικές Επιστήμες[20] και ξεκίνησε τον εορτασμό της εκατονταετηρίδας του με διάφορες δραστηριότητες που διήρκησαν μέχρι το 2011.[21]

Το ΕΑΠΜ έχει συμπεριλάβει ενεργά τις μειονότητες σε διαφορετικούς εκπαιδευτικούς τομείς, όπως στην τεχνολογία.[22][23][24][25] Το 2016, το πανεπιστήμιο υιοθέτησε πλατφόρμες των Ηνωμένων Εθνών σε όλες τις πανεπιστημιουπόλεις του για την υποστήριξη και την ισχυροποίηση των γυναικών.[26][27][28]