Το Εθνικό Μουσείο του Πακιστάν ιδρύθηκε στο κτίριο Φρερ στις 17 Απριλίου 1950, αντικαθιστώντας το πλέον ανενεργό Μουσείο της Βικτώριας[1]. To ίδιο το κτίριο Φρερ οικοδομήθηκε το 1865 ως φόρος τιμής στον Σερ Μπαρτλ Φρερ, Επίτροπο της επαρχίας Σινδ κατά τον 19ο αιώνα.

Μόλις εγκαινιάστηκε το Μουσείο, τότε η κυβέρνηση του Πακιστάν θεώρησε σκόπιμο να συγκροτήσει Συμβούλιο το 1950, με πρωταρχικό καθήκον να συμβουλεύει το Μουσείο για θέματα εμπλουτισμού της συλλογής του μέσω νέων αποκτημάτων και αγοράς αρχαιοτήτων και έργων τέχνης.

Το Μουσείο μεταφέρθηκε στις σημερινές του εγκαταστάσεις (Κήποι Μπερνς) το 1970.[1]