Η ίδρυση της Μονής  Ο Αλέξιος Α' Κομνηνός σε μικρογραφία από χειρόγραφο του 12ου αι. (Βατικανό, Biblioteca Apostolica).Το 1088 παραχώρησε το νησί της Πάτμου στον μοναχό Χριστόδουλο τον Λατρηνό.

Το 1088 ο βυζαντινός αυτοκράτορας Αλέξιος Α' Κομνηνός παραχώρησε το νησί της Πάτμου στον μοναχό Χριστόδουλο τον Λατρηνό. Ο όσιος Χριστόδουλος αρχικά ασκήτευε στην περιοχή του όρους Λάτρος ή Λάτμος κοντά στη Μίλητο. Οι συνεχείς επιθέσεις όμως των Σελτζούκων Τούρκων στην περιοχή τον έκαναν να καταφύγει στην παραλιακή πόλη Στροβύλιο. Εκεί γνωρίζει ένα άλλον ασκητή τον Αρσένιο Σκηνούρη ο οποίος τον προτρέπει να ιδρύσει μοναστήρι στην Κω. Και οι δύο πηγαίνουν και ιδρύουν μοναστήρι στην Κω με την επωνυμία Μονή Θεοτόκου των Καστριανών ή του Πυλίου. Όμως ο συγχρωτισμός με την πολύβουη πρωτεύουσα του νησιού ώθησε τον όσιο Χριστόδουλο να πάει στην Κωνσταντινούπολη και να ζητήσει από τον τότε βυζαντινό αυτοκράτορα Αλέξιο Α' Κομνηνό να του παραχωρήσει την Πάτμο ως πιο κατάλληλο για μοναστική διαβίωση.[1] Ο Αλέξιος τον έστειλε όμως στη Θεσσαλία με σκοπό να οργανώσει τα εκεί μοναστήρια. Όμως συνάντησε αντιδράσεις και τελικά με προτροπή της μητέρας του αυτοκράτορα Άννας Δαλασηνής, η οποία διακρινόταν για την έντονη θρησκευτικότητά της τον φιλομοναχισμό της[2], και επιθυμώντας ο ίδιος ο αυτοκράτορας να ενισχύσει μια παραμεθόρια περιοχή της αυτοκρατορίας διά του επανεποικισμού[3] της και της συγκέντρωσης της τοπικής αγροτικής παραγωγής τον έστειλε στην Πάτμο.[4] Η παραχώρηση του νησιού έγινε αφού μετά από καταγραφή της κατάστασης στο νησί από τον βασιλικό νοτάριο Νικόλαο Τζάνζη και διαπίστωση ότι το νησί ήταν έρημο μετά από πειρατικές επιδρομές συνέταξε το σχετικό πρακτικό της παράδοσής του στην αδελφότητα του οσίου. Στη συνεχεία εκδόθηκε αυτοκρατορικό χρυσόβουλο που σώζεται σήμερα στη Μονή. Με το χρυσόβουλο καθιερωνόταν η ανεξαρτησία της Μονής και καθοριζόταν φορολογικές και άλλες διευκολύνσεις της.[5] Χαρακτηριστικό είναι το αρκετά σύντομο χρονικό διάστημα που μεσολάβησε από την παραχώρηση της δωρεάς έως την παράδοση του νησιού που ήταν μόλις τέσσερις μήνες.[6] Στα 1092 η Μονή εγκαταλείπεται προσωρινά και η αδελφότητα μεταβαίνει στην Εύβοια επειδή ο Εμίρης της Σμύρνης Τζαχάς πραγματοποιεί επιδρομές στα νησιά που βρίσκονται κοντά στα Μικρασιατικά παράλια.[7] Στα 1095 επιστρέφουν στο νησί και συνεχίζουν την ανέγερση της Μονής.[8]Ο Χριστόδουλος είχε στο μεταξύ πεθάνει στην Εύβοια και το σώμα του μεταφέρθηκε και θάφτηκε στο νάρθηκα του καθολικού της Μονής.[9] Η μονή λαμβάνει διάφορες χορηγίες από τους αυτοκράτορες Αλέξιο Κομνηνό: ποσότητες σιταριού, χρυσά νομίσματα, Ιωάννη Κομνηνό: σιτάρι, Μανουήλ Κομνηνό σιτάρι και νομίσματα[10] Ο όσιος όσο απουσίαζε εμπιστευόταν προσωρινά τη διοίκηση της Μονής στους Σάββα και Ιωσήφ, δύο συμμοναστές του, ενώ στη Διαθήκη του όριζε διάδοχο και κληρονόμο τον μοναχό Αρσένιο Σκηνούρη και αν αυτός δεν δεχόταν τον τον Θεοδόσιο. Επειδή δεν βρέθηκε ο Αρσένιος απευθύνθηκαν στον δεύτερο ο οποίος αρνήθηκε να έλθει από την Κωνσταντινούπολη να αναλάβει την ηγουμενία της Μονής και οι μοναχοί εξέλεξαν από τους κόλπους της αδελφότητας ηγούμενο.[11] Στα 1132 εκδίδεται ένα Πατριαρχικό Μολυβδόβουλλο από τον Κωνσταντινουπόλεως Ιωάννη Θ΄Αγαπητό με το οποίο κατοχυρώνεται το αυτοδιοίκητο της Μονής, υπαγόμενης στην πατριαρχική δικαιοδοσία καθιστάμενη πατριαρχική σταυροπηγιακή.[12]

Ξένες επιδρομές

Στα 1186 επιτίθενται οι Νορμανδοί στα 1192 οι Φράγκοι με τον Φίλιππο Αύγουστο χωρίς όμως ουσιαστικές επιδράσεις στη Μονή. Στα 1196 αριθμεί εκατόν πενήντα μοναχούς.[13]

Στην Λατινοκρατία

Στα 1204-1261 η Μονή συνδέεται με αυτοκρατορία της Νίκαιας και αποκτά πολλά μετόχια στη Μικρά Ασία.[14]Ο Θεόδωρος Α' Λάσκαρις της παρέχει ατέλεια φορολογική για την άσκηση από τα πλοία του εμπορίου. [15]Οι ηγούμενοι αλληλογραφούν με σημαντικά πρόσωπα της Νίκαιας.[16] Παράλληλα σχετίζεται και με τις δυτικές δυνάμεις: τη Γαληνοτάτη Δημοκρατία της Βενετίας. Στα 1219 απαλλάσσονται από τον δούκα της Κρήτης Domenico Delfino από κάθε αντίποινα για τη βοήθεια που έδωσαν στους Κωνσταντίνο Σεβαστό και Θεόδωρο Μελισσηνό, επαναστάτες Κρήτες. Στη συνέχεια πετυχαίνει την εξαγωγή ποσοτήτων σιταριού- δικαίωμα που είχε το μετόχι της Μονής στην Κρήτη-δυο φορές στα 1271 και 1385. Φορολογικές απαλλαγές με δικαίωμα προστασίας των μοναχών εξασφαλίζεται από τις Βενετικές αρχές, υπαγορευμένα όλα αυτά από την επιθυμία περιορισμού των φιλοδοξιών των Λατίνων Αρχιεπισκόπων της Κρήτης και του Παπικού Κράτους[17] Την περίοδο αυτή ξεχωρίζει ο ηγούμενος Γερμανός(1252-1258) για το ήθος και τις πνευματικές δράσεις του.[18]