Η περιοχή του σημερινού Μπαρντέγιοβ κατοικείται από την εποχή του λίθου, με ίχνη κατοίκησης τα οποία χρονολογούνται από το 20.000 Π.Χ. Η παλαιότερη μνεία στην πόλη γίνεται το 1247, όταν οι μοναχοί του Μπαρντέγιοβ παραπονέθηκαν στον βασιλιά Μπέλα Δ΄ σχετικά με την παραβίαση των συνόρων της πόλης από το γειτονικό Πρέσοβ. Το 1320, ο βασιλιάς Κάρολος Ροβέρτος έδωσε στους κατοίκους της πόλης εκτεταμένα δικαιώματα, με αποτέλεσμα τη γρήγορη επέκταση της πόλης. Οι κύριες δραστηριότητες των κατοίκων ήταν το εμπόριο, η γεωργία και η βιοτεχνία.[1] Το Μπαρντέγιοβ βρισκόταν σε εμπορικό δρόμο ο οποίος διέσχιζε τα Καρπάθια και συνέδεε την Ουγγαρία με την Πολωνία.[2] Το 1352 η πόλη οχυρώθηκε. Το 1376 η πόλη ανακηρύχθηκε ελεύθερη βασιλική πόλη από τον Λαδίσλαος Α΄.[1]

Μέχρι τον 15ο αιώνα, το Μπαρντέγιοβ είχε αναπτυχθεί σε πολυάσχολη πόλη με μεγάλη οικονομική ανάπτυξη. Τότε είχε περίπου 500 σπίτια και πληθυσμό 3.000. Η κύρια δραστηριότητα των κατοίκων ήταν η παραγωγή και πώληση λιναριού, στο οποίο η πόλη είχε το μονοπώλιο,[1] ενώ η πόλη διέθετε συντεχνίες ραφτών, αγγειοπλαστών, σιδεράδων, ψαράδων, χασάπηδων, κατασκευαστών μποτών και ξιφών μεταξύ άλλων. Η πόλη άκμαζε και διέθετε επίσης μύλους, οινοποιείο, πριονιστήρια και παρασκευαστήρια πλίνθων. Όμως, με τη λήξη του μονοπωλίου του Μπραντέγιοβ στο λινάρι στα τέλη του 15ου αιώνα, η πόλη παρήκμασε. Η πόλη πλήχτηκε περαιτέρω από πολέμους και επιδημίες, όπως η επιδημία πανώλης το 1710. Οι Γερμανοί και Ούγγροι σταδιακά αντικαταστάθηκαν από Σλοβάκους.[1]

Στις αρχές του 18ου αιώνα, εγκαταστάθηκε στο Μπαρντέγιοβ μεγάλος αριθμός Σλοβάκων και Εβραίων και μέχρι τα τέλη του αιώνα η πόλη είχε τον ίδιο πληθυσμό που είχε τον 16ο αιώνα. Η πόλη γνώρισε νέα περίοδο ανάπτυξης, κατά την οποία χτίστηκε η εβραϊκή συναγωγή, σχολεία λουτρά, εκκλησίες και γέφυρες. Τον 19ο αιώνα η περιοχή βιομηχανοποιήθηκε. Το 1893 η πόλη συνδέθηκε σιδηροδρομικώς με τον Πρέσοβ.[3] Όμως, στις αρχές του 20ού αιώνα, η πόλη έγινε πάλι ένα αγροτικό κέντρο.

Το 1950, το Μπαρντέγιοβ ανακηρύχθηκε προστατευόμενη πόλη και το 1967 άρχισε εκτεταμένη αποκατάσταση της πολιτιστικής της κληρονομιάς. Το 2000 το Μπαρντέγιοβ ανακηρύχθηκε μνημείο παγκόσμιας κληρονομιάς από την UNESCO, στο οποίο περιλαμβάνεται το παλιό κέντρο της πόλης και η εβραϊκή γειτονιά.[2]