Ο αρχικός, ναός αρχαϊκής περιόδου, του Ποσειδώνα, ο οποίος ήταν χτισμένος από τούφα, πιθανολογείται πως καταστράφηκε το 480 π.Χ. από τα περσικά στρατεύματα, εν καιρώ της εισβολής του Ξέρξη Α στην Ελλάδα. Αν και δεν υπάρχουν άμεσες μαρτυρίες για την κατάσταση στο Σούνιο εκείνη την εποχή, ο Ξέρξης είχε καταλάβει σίγουρα τον ναό της Αθηνάς, και οτιδήποτε άλλο υπήρχε στην Ακρόπολη των Αθηνών, ισοπεδώθηκε ως τιμωρία για την περιφρόνηση των Αθηναίων. Αφού οι Αθηναίοι νίκησαν τον Ξέρξη στη ναυμαχία της Σαλαμίνας, τοποθέτησαν μια εχθρική τριήρη (πολεμικό πλοίο με τρεις όχθες κουπιών) στο Σούνιο ως νικητήριο τρόπαιο, αφιερωμένο στον Ποσειδώνα. [1]

Ο ναός του Ποσειδώνα στο Σούνιο κατασκευάστηκε την περίοδο ανάμεσα στα έτη 444 - 440 π.Χ. Αυτό συνέβη στις μέρες του Αθηναίου πολιτικού Περικλή, ο οποίος ανοικοδόμησε και τον Παρθενώνα στην Αθήνα. Ο ναός του Ποσειδώνα χτίστηκε στα ερείπια ενός ναού που χρονολογείται ότι υπήρχε από την αρχαϊκή περίοδο. Ο Έλληνας γεωγράφος Στράβων είπε τα εξής για τον αρχαίο ναό του Ποσειδώνα: «Η Γεράιστος [στην Εύβοια]... βρίσκεται σε βολική τοποθεσία για όσους ταξιδεύουν απέναντι από την Ασία προς την Αττική, καθώς είναι κοντά στο Σούνιο. Έχει τον ιερό ναό (ιέρωνα) του Ποσειδώνα, το πιο αξιοσημείωτο από αυτά σε εκείνο το μέρος, και επίσης έναν αξιόλογο οικισμό». [2]

Σύμφωνα με τους συγγραφείς του "Ancient Greece – Temples and Sanctuaries", η απόφαση για την ανέγερση του ναού στο Σούνιο σχετίζεται με την ορατότητα του ναού από τους θαλάσσιους δρόμους από και προς τον Πειραιά, η οποία παρείχε το κυριότερο πλεονέκτημα της γεωγραφικής θέσης του ναού. Το Ακρωτήρι του Σουνίου βρίσκεται στην αρχή του Μυρτώου Πελάγους και στην άκρη του αργωσαρωνικού κόλπου και έτσι, ο ναός φαίνεται από πολλές και διαφορετικές θαλάσσιες ζεύξεις.

Η Τζέσικα Πάγια και η Μάργκαρετ Μάιλς υποστηρίζουν ότι η πιο ώριμη εξήγηση για τη θέση του ναού είναι η αυξανόμενη δύναμη και εξέχουσα θέση του αθηναϊκού ναυτικού σε συνδυασμό με τις συνεχείς συγκρούσεις της Αθήνας (με τους νησιώτες της Αίγινας και η μόνιμη απειλή της Αθήνας από τους Βοιωτούς και τους Χαλκιδείς το 506/5 π.Χ.). Η τοποθεσία του ναού μπορεί να θεωρηθεί ότι εξυπηρετούσε τόσο στρατιωτικές, όσο και οικονομικές ανάγκες της εποχής. Το Σούνιο στο παρελθόν, γνώρισε μεγάλη εμπορική και ναυτική κίνηση. Ο ναός του Ποσειδώνα θα μπορούσε επίσης να χρησιμοποιηθεί και ως κέντρο ελέγχου, αφού η θέση του έχει μεγάλη ορατότητα στην θάλασσα γύρω από την Αττική. Μετά τη μάχη με τους Πέρσες στον Μαραθώνα, οι Αθηναίοι αποδυναμώθηκαν και ήταν ευάλωτοι σε ναυτικά χτυπήματα. Η Αθήνα εκείνη την εποχή αντιμετώπισε κοντινούς εχθρούς, όπως το νησί της Αίγινας, που θα μπορούσαν να εκμεταλλευτούν τον αποδεκατισμένο στρατό της Αθήνας, επιτιθέμενοι δια θαλάσσης. Ως εκ τούτου, η Αθήνα χρειαζόταν φρούρηση, για την οποία το ακρωτήριο του Σουνίου ήταν το τέλειο μέρος, αφού όποιος ταξίδευε στις ακτές της Αττικής έπρεπε να κάνει το γύρο του Σουνίου. Έτσι, η κατασκευή του ναού ακριβώς δίπλα στο νερό της θάλασσας, ήταν μια στρατιωτική τακτική που εξασφάλιζε ένα φυλάκιο σε μια περιοχή με μεγάλη κίνηση, προκειμένου να παρακολουθεί τις κινήσεις των εχθρών.

Σύμφωνα με αρχαιολόγους από το Ινστιτούτο Κλασικής Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου της Βιέννης, ο βαθμός πρόσβασης ή προσβασιμότητας του ίδιου του Σουνίου από τους Αθηναίους και τους λάτρες του Ποσειδώνα ή από πολίτες άλλων περιοχών παραμένει ασαφής. [3]

Όντας ασφαλισμένη από τον δικό της περίβολο (αυλή που περικλείεται από τοίχο), τα προπύλαια (πύλη) και δύο στοές (σκεπαστά πεζοδρόμια ή στοές), η κατασκευή του αρχαίου ναού του Ποσειδώνα γύρω στο 490 π.Χ. ήταν πιθανότατα μια μεγάλη επένδυση που πραγματοποιήθηκε από το κράτος της Αθήνας. Μεταξύ του 508-507 και 480-479 π.Χ., λέγεται ότι η Αθήνα στήριξε την ίδρυση και την επέκταση αρκετών ιερών ναών στην Αττική, συμπεριλαμβανομένων εκείνων της Ραμνούς, της Μουνυχίας στον Πειραιά και την Ελευσίνα.

Όπως υποδεικνύεται από λογοτεχνικά και αρχαιολογικά στοιχεία, η ισόπεδη κορυφή στην ακτή του ακρωτηρίου του Σουνίου, ήταν πιθανότατα χώρος λατρείας, ήδη από τα τέλη του 8ου αιώνα π.Χ. 2 λατρευτικά κέντρα αφιερωμένα στην Αθηνά και στον Ποσειδώνα αντίστοιχα πιστεύεται ότι ιδρύθηκαν περίπου το 700 π.Χ.