Από αρχαιολογικές έρευνες που έχουν γίνει σε ολόκληρο το νησί της Σικελίας, είναι γνωστό ότι γύρω στα μισά του 13ου αιώνα π.Χ. οι πληθυσμοί που ζούσαν στα παράλια, αποσύρθηκαν σε πιο εσωτερικές τοποθεσίες για να γλυτώσουν από συνεχείς επιθέσεις εισβολέων. Η περιοχή της Παντάλικα, προστατευμένη τριγύρω από φαράγγια, κανονικό φυσικό οχυρό, θα πρέπει να απετέλεσε ιδανικό καταφύγιο γι' αυτούς τους πληθυσμούς. Η Παντάλικα έχει ταυτιστεί με την αρχαία Ύβλα[1], της οποίας ο τελευταίος βασιλιάς ο Ύβλων, επέτρεψε στους αποίκους Μεγαρείς κατά τον Δεύτερο ελληνικό αποικισμό να ιδρύσουν την πόλη Μέγαρα Υβλαία το 729 π.Χ. Από τον προϊστορικό οικισμό, που πιθανώς καταστράφηκε από τους κατοίκους των Συρακουσών όταν ίδρυσαν την πόλη Άκραι το 664 π.Χ., απομένουν ελάχιστα ίχνη και μαζί η εντυπωσιακή σε μέγεθος βραχώδης νεκρόπολη, η οποία χρονολογείται από τον 13ο έως το 7ο αιώνα π.Χ. Η περιοχή ξανακατοικείται κατά την βυζαντινή περίοδο όταν δημιουργούνται μικροί βραχώδεις οικισμοί και πολλές από τις σπηλιές χρησιμοποιούνται σαν κατοικίες και εκκλησάκια. Κάτι που συνεχίστηκε και κατά την αραβική κατάκτηση της Σικελίας (827 - 902) και κατά την περίοδο των Νορμανδών (1060 - 1090)[2]. Έκτοτε ο χώρος εγκαταλείφθηκε εντελώς μέχρι τα τέλη του 19ου αιώνα, όταν ο αρχαιολόγος Πάολο Όρσι ξεκίνησε έρευνες και μελέτες στην περιοχή.