Σημαντικές προϊστορικές τοποθεσίες της παλαιολιθικής εποχής με τοιχογραφίες σε σπήλαια έχουν βρεθεί στο Κόιντ Τσενκχερίν της επαρχίας Κχόντ και στο Τσαγκαάν της επαρχίας Μπαγιανκχονγκόρ. Επίσης, υπολείμματα οικισμού της νεολιθικής εποχής υπάρχουν στην επαρχία Ντορνόντ, ενώ σύγχρονα ευρήματα στη δυτική Μογγολία υποδηλώνουν παρουσία τροφοσυλλεκτικών πληθυσμών. Ο πληθυσμός κατά την εποχή του χαλκού περιγράφεται ανθρωπολογικά ως παλαιο-μογγολικός στα ανατολικά τμήματα της σημερινής χώρας, και ως ευρωπαϊκός στα δυτικά.

Κατά τη δεύτερη χιλιετηρίδα π.Χ. και κατά την εποχή του χαλκού, η δυτική Μογγολία βρισκόταν κάτω από την επιρροή του πολιτισμού των Καρασούκ. Ευρήματα, γνωστά ως Κουργκάν, εικάζεται ότι προέρχονται από αυτή την περίοδο, ενώ άλλες θεωρίες τα εντοπίζουν στον 7ο και 8ο αιώνα π.Χ. Ένα ταφικό σύμπλεγμα της εποχής του σιδήρου του 3ου ή 5ου αιώνα, το οποίο χρησιμοποιήθηκε και στη συνέχεια από τους Χιονγκ-νου, έχει ανασκαφεί κοντά στο Ουλαανγκόμ. Πριν από τον 20ο αιώνα, υπήρχε η άποψη ότι οι Σκύθες ήταν απόγονοι των Μογγόλων, καθώς φαίνεται ότι αποίκησαν τη δυτική Μογγολία κατά τον 5ο και 6ο αιώνα. Μία μούμια Σκύθου πολεμιστή που χρονολογείται πριν από 2.500 χρόνια έχει βρεθεί στα όρη Αλτάι της Μογγολίας.

 

Η επικράτεια των Χιονγκ-νου σε σχέση με τα σημερινά σύνορα της Μογγολίας

Η Μογγολία, από την προϊστορία της, έχει κατοικηθεί από νομαδικούς πληθυσμούς, οι οποίοι από περίοδο σε περίοδο σχημάτισαν μεγάλες ομοσπονδίες που άκμασαν. Η πρώτη από αυτές, οι Χιονγκ-νου, ενώθηκαν σε ομοσπονδία από τον Μόντου Σανίου το 209 π.Χ. και σύντομα αποτέλεσαν σημαντική απειλή για τη δυναστεία των Τσιν, εξαναγκάζοντάς τους στην κατασκευή του Σινικού Τείχους, με φρουρά την εποχή ακμής του που έφτανε ακόμα και τους 30.000 στρατιώτες, ως μέσο άμυνας στις επιδρομές των Χιονγκ-νου.

Με την παρακμή των Χιονγκ-νου, οι Ρουράν, συγγενείς λαός των Μογγόλων, ήρθε στην εξουσία για να ηττηθεί από τους Γκιοκτούρκους, οι οποίοι κυριάρχησαν στην περιοχή για αιώνες. Κατά τον 7ο και 8ο αιώνα, τους διαδέχθηκαν οι Ουιγούροι και στη συνέχεια οι Κιτάνς και οι Γιούρχενς. Μέχρι το 10ο αιώνα, η χώρα ήταν διαιρεμένη ανάμεσα σε πλήθος φυλών με συνεχή εναλλαγή πρόσκαιρων συμμαχιών και διαφυλετικών συρράξεων.

Στο χάος που επικράτησε τον 12ο αιώνα, ένας αρχηγός φυλής με το όνομα Τεμουτζίν κατάφερε τελικά να ενώσει τις μογγολικές φυλές ανάμεσα στη Μαντζουρία και την οροσειρά Αλτάι. Το 1206 πήρε τον τίτλο Τζένγκις Χαν και ξεκίνησε μία σειρά στρατιωτικών εκστρατειών, γνωστές για τη βία και την ωμότητά τους, σε μεγάλο μέρος της Ασίας, δημιουργώντας έτσι τη Μογγολική Αυτοκρατορία, τη μεγαλύτερη συνεχόμενη αυτοκρατορία σε έκταση στην παγκόσμια ιστορία. Με τους διαδόχους του, η αυτοκρατορία εκτεινόταν από τη σημερινή Πολωνία στα δυτικά ως την Κορέα στα ανατολικά, και από τη Σιβηρία στο βορρά ώς τον Κόλπο του Ομάν στα νότια, με συνολική έκταση 33 εκατομμυρίων τετραγωνικών χιλιομέτρων (22% της συνολικής ξηράς του πλανήτη) και πληθυσμό μεγαλύτερο από 100 εκατομμύρια.

Μετά το θάνατο του Τζένγκις Χαν, η αυτοκρατορία διαιρέθηκε σε τέσσερα βασίλεια, ονομαζόμενα χανάτα, τα οποία τελικά έγιναν ημιανεξάρτητα μετά το θάνατο του Μόνγκε το 1259. Ένα από τα χανάτα, γνωστό ως το Μεγάλο Χανάτο, με επικράτεια τη σημερινή Μογγολία και την Κίνα, μετατράπηκε στη δυναστεία των Γιουάν με ηγεμόνα τον Κουμπλάι Χαν, εγγονό του Τζένγκις Χαν. Ο Κουμπλάι Χαν έκανε πρωτεύουσά του τη σημερινή πόλη του Πεκίνου. Μετά από έναν περίπου αιώνα ηγεμονίας, οι Γιουάν αντικαταστάθηκαν από τη Δυναστεία των Μινγκ το 1368, και οι Μογγόλοι εκδιώχθηκαν προς το Βορρά. Καθώς ο στρατός των Μινγκ καταδίωξε τους μογγολικούς πληθυσμούς μέχρι τα πάτρια εδάφη τους, κατέλαβε και κατέστρεψε την πρωτεύουσα Καρακορούμ, μαζί με την πολιτιστική πρόοδο της αυτοκρατορικής περιόδου, γυρνώντας τη Μογγολία ξανά σε μία άναρχη κατάσταση.

 

Ο Αλτάν Χαν του Τουμέντ, εγγονός του Μπατουμόνγκε Νταγάν Χαν και ιδρυτής του Χοχότ

Οι επόμενοι αιώνες χαρακτηρίζονται από βίαιες διενέξεις για εξουσία μεταξύ διαφόρων φυλών, κυρίως μεταξύ των Τζενγκχίνς Οϊράντς και των αντιπάλων τους, καθώς και από αμέτρητες εισβολές των Κινέζων, όπως οι πέντε εκστρατείες με αρχηγό τον αυτοκράτορα Γιόνγκλε. Στις αρχές του 15ου αιώνα, οι Οϊράντς με ηγεμόνα τον Έσεν Ταγισί ενισχύθηκαν και πραγματοποίησαν επιδρομές ακόμα και στην Κίνα το 1449, με αφορμή το δικαίωμα να μην πληρώνουν φόρο υποτελείας, αιχμαλωτίζοντας και τον Κινέζο αυτοκράτορα. Ωστόσο, ο Έσεν Ταγισί δολοφονήθηκε το 1454 και ακολούθησε η ηγεμονία των Μποργιτζίντς.

Ο Μπατουμόνγκε Νταγάν Χαν και το κρατίδιό του Μαντουκάι, ένωσε ξανά τους Μογγόλους στις αρχές του 16ου αιώνα, ενώ στη συνέχεια ο Αλτάν Χαν του Τουμέντ, εγγονός του Μπατουμόνγκε αλλά μη νόμιμος Χαν, απέκτησε δύναμη και ίδρυσε το Χοχότ το 1557. Η συνάντησή του με τον Δαλάι Λάμα το 1578 πυροδότησε τη δεύτερη εισροή του θιβετιανού βουδισμού στη χώρα. Ο Αμπτάι Χαν των Κάλχα προσηλυτίστηκε στον βουδισμό και ίδρυσε τη μονή Ζούου στο Έρντενε το 1585. Ο εγγονός του Ζαναμπαζάρ έγινε ο πρώτος Τζεμπτσουντάμπα Κουτουγκτού το 1658.

Ο τελευταίος Μογγόλος χάνος ήταν ο Λίγκντεν Χαν στις αρχές του 17ου αιώνα. Οι επιδρομές του στις κινεζικές πόλεις τον οδήγησαν σε διαμάχη με τους Μαντσού, καθώς κατάφερε να ενώσει αρκετές μογγολικές φυλές. Πέθανε το 1634 κατά το ταξίδι του για το Θιβέτ, σε μία προσπάθεια να αποφύγει τους Μαντσού και να καταστρέψει την ομάδα των κίτρινων σκούφων του βουδισμού. Μέχρι το 1636, οι περισσότερες φυλές της εσωτερικής Μογγολίας είχαν παραδοθεί στους Μαντσού, και τελικά οι Κάλχα δήλωσαν και αυτοί υποτέλεια στη δυναστεία των Τσινγκ το 1691, παραχωρώντας έτσι όλη τη σημερινή δυτική Μογγολία στην εξουσία του Πεκίνου. Μετά από αρκετούς πολέμους, οι Ντζουνγκάρ επίσης κατακτήθηκαν το 1757.

Μέχρι το 1911 οι Μαντσού διατήρησαν τον έλεγχο της Μογγολίας με μία σειρά συμμαχιών και διαφυλετικών γάμων, καθώς και με στρατιωτικά και οικονομικά μέτρα. Υψηλοί αξιωματούχοι των Μαντσού, γνωστοί ως Αμπάν, είχαν εγκατασταθεί στο Κουρέε, το Ουλιαστάι και το Κχόβντ, ενώ η χώρα είχε διαιρεθεί σε φεουδαρχικές και θρησκευτικές επικράτειες. Κατά τον 19ο αιώνα, οι φεουδάρχες έδωσαν περισσότερη προσοχή στην αντιπροσώπευσή τους κεντρικά παρά στους υποτελείς τους, και η συμπεριφορά της μογγολικής αριστοκρατίας, παράλληλα με τις αθέμιτες πρακτικές των Κινέζων εμπόρων και τη συλλογή φόρων σε ασήμι αντί για ζώα, είχαν ως συνέπεια την έντονη φτώχεια των κατοίκων.

 

Ο Μπογκντ Χάαν, όγδοος Τζεμπτσουντάμπα Κουτουκτού, πολιτικός και θρησκευτικός ηγέτης της ανεξάρτητης Μογγολίας

Με την πτώση της δυναστείας των Τσινγκ, η Μογγολία με την ηγεσία του Μπογκντ Χάαν διακήρυξε την ανεξαρτησία της το 1911. Ωστόσο, η επίσης νεοσύστατη δημοκρατία της Κίνας θεώρησε τη Μογγολία ως μέρος της επικράτειάς της. Οι περιοχές κάτω από τον έλεγχο του Μπογκντ Χάαν περιλάμβαναν περίπου την πρώην εξωτερική Μογγολία, ενώ οι 49 επικράτειες της εσωτερικής Μογγολίας, όπως και οι Μογγόλοι των περιφερειών Αλασάν και Κινγκάι, δήλωσαν την πρόθεσή τους να αποτελέσουν μέρος του νέου μογγολικού κράτους. Το 1919, μετά την Οκτωβριανή επανάσταση στη Ρωσία, η χώρα καταλήφθηκε από κινεζικά στρατεύματα με αρχηγό τον Ξου Σουτσένγκ.

Ως συνέπεια του εμφύλιου πολέμου στη Ρωσία, ο Ρώσος τυχοδιώκτης βαρόνος Ουνγκέρν οδήγησε τα στρατεύματά του στη Μογγολία τον Οκτώβριο του 1920, νικώντας τους Κινέζους στο σημερινό Ουλάν Μπατόρ στις αρχές του Φεβρουαρίου του 1921. Για να εξαλείψουν την απειλή του Ουνγκέρν, οι μπολσεβίκοι αποφάσισαν να υποστηρίξουν την ίδρυση μίας κομμουνιστικής μογγολικής κυβέρνησης και στρατού. Ο στρατός αυτός κατέλαβε το μογγολικό τμήμα της Κιάκτα από την Κίνα τον Μάρτιο του 1921 και τον Ιούλιο ρωσικές και μογγολικές δυνάμεις έφτασαν στο Κουρέε. Η ανεξαρτησία της Μογγολίας διακηρύχθηκε ξανά στις 11 Ιουλίου του 1921. Η σειρά αυτών των γεγονότων έφερε τη Ρωσία και τη Μογγολία σε μία σχέση που παρέμεινε ισχυρή για τις επόμενες επτά δεκαετίες.

Το 1924 μετά το θάνατο του θρησκευτικού ηγέτη και βασιλιά Μπογκντ Χαν, ιδρύθηκε η Λαϊκή Δημοκρατία της Μογγολίας με την υποστήριξη της ΕΣΣΔ. Το 1928, ο Χορλοογκίιν Τσοϊμπαλσάν ανέβηκε στην εξουσία, προωθώντας την κολλεκτιβοποίηση της κτηνοτροφίας, την καταστροφή βουδιστικών μοναστηριών και την εκδίωξη των εχθρών του λαϊκού κράτους, με συνέπεια τις δολοφονίες μοναχών και άλλων πολιτών. Στη Μογγολία κατά τη δεκαετία του 1920 το 1/3 του ανδρικού πληθυσμού ήταν μοναχοί, ενώ στις αρχές του αιώνα υπήρχαν περίπου 750 μοναστήρια σε λειτουργία. Οι σταλινικές εκδιώξεις που ξεκίνησαν στη χώρα το 1937 επηρέασαν ριζικά το λαό αφήνοντας περίπου 30.000 νεκρούς. Μετά την κατάκτηση της γειτονικής Μαντζουρίας το 1931 από την Ιαπωνία, διαμορφώθηκε ένα κλίμα κατά του ιαπωνικού επεκτατισμού, ενώ παράλληλα η ΕΣΣΔ επιτυχημένα υπερασπίστηκε την ακεραιότητα της Μογγολίας κατά τον Σοβιετο-ιαπωνικό συνοριακό πόλεμο του 1939.

Τον Αύγουστο του 1945 στρατιωτικές δυνάμεις της χώρας πήραν μέρος στη στρατηγική αμυντική εκστρατεία των Σοβιετικών στην εσωτερική Μογγολία και τη Μαντζουρία, ενώ η σοβιετική απειλή για προσχώρηση τμημάτων της εσωτερικής Μογγολίας στην ΕΣΣΔ, οδήγησε την Κίνα να αναγνωρίσει ως κράτος την Μογγολία, με την προϋπόθεση δημοψηφίσματος. Το 1945, 100% των ψηφοφόρων επέλεξαν την ανεξαρτησία της χώρας, και οι δύο λαϊκές πλέον δημοκρατίες αναγνώρισαν τα αμοιβαία σύνορά τους το 1949.

Το 1952 ανέβηκε στην εξουσία το Γιουμζαάγκιιν Τσεντενμπάλ. Το 1956 και ξανά το 1962 καταδικάστηκε η λατρεία του προσώπου του Τσοϊμπαλσάν από την κεντρική επιτροπή του κυβερνώντος λαϊκού επαναστατικού κόμματος της Μογγολίας, και η χώρα συνέχισε την πορεία των στενών δεσμών με την ΕΣΣΔ, ειδικότερα και μετά το σινοσοβιετικό διαζύγιο στα τέλη της δεκαετίας του 1950. Κατά την επίσκεψη του Τσεντενμπάλ το 1984 στη Μόσχα, ανακοινώθηκε η αποχώρησή του λόγω σοβαρής ασθένειάς του και η αντικατάστασή του από τον Τζαμπίν Μπατμόνκ.

Η εισαγωγή της περεστρόικα και της γκλάσνοστ στην ΕΣΣΔ από τον Μιχαήλ Γκορμπατσόφ επηρέασε έντονα την πολιτική κατάσταση της Μογγολίας οδηγώντας στην ειρηνική δημοκρατική επανάσταση και την καθιέρωση ενός πολυκομματικού συστήματος και της οικονομίας της αγοράς. Ένα νέο σύνταγμα ψηφίστηκε το 1992 και ο όρος "λαϊκή δημοκρατία" αφαιρέθηκε από την επίσημη ονομασία του κράτους. Η μετάβαση στην ελεύθερη οικονομία ήταν αρκετά δύσκολη και έφερε υψηλό πληθωρισμό και ελλείψεις τροφίμων. Οι πρώτες εκλογές με νικητές μη κομμουνιστικά κόμματα ήταν οι προεδρικές του 1993 και οι βουλευτικές του 1996.