Levantada en un lugar pantanoso de la Camarga que no estaba predestinado a la construcción, Aigues-Mortes nació por voluntad del rey Luis IX de Francia, más conocido por el sobrenombre de San Luis.

Al decidir fundar esta nueva ciudad en 1240, se convirtió en el primer rey de Francia en disponer de un puerto de acceso al Mediterráneo y en realizar ricos intercambios comerciales con Italia y Oriente. Además se imponía políticamente sobre una franja de tierra rodeada al este por la Provenza, que dependía del Sacro Imperio Romano Germánico y al oeste por una Aquitania inglesa y un Montpellier dependiente de la Corona de Aragón. Luis IX obtuvo estas tierras de la abadía benedictina de Psalmodi y construyó allí la imponente torre del Rey, denominada después Torre de Constancia, así como un castillo, actualmente desaparecido y acondicionó los canales hacia el mar, Arlés y Montpellier.

Para atraer a la población, concedió a la ciudad una carta de privilegios eximiéndola de impuestos. Fue desde el puerto de Aigues-Mortes desde donde partió Luis IX hacia las cruzadas en dos ocasiones.

Sus sucesores, Felipe III el Atrevido y luego Felipe IV el Hermoso continuaron su obra e hicieron construir las murallas. Tras este efímero periodo de apogeo, la ciudad dejó de crecer, ya que el puerto se cubría de arena y una vez incorporada la Provenza a Francia en 1481, Marsella sustituyó a Aigues-Mortes, que perdió su interés estratégico.

Carlos I de España y Francisco I de Francia firmaron aquí la Paz de Aguas Muertas en 1538.

Desde el siglo XI hasta el siglo XIII se realizaron ocho expediciones militares organizadas por los cristianos de Occidente con el objetivo de reconquistar Tierra Santa, entonces en manos de los musulmanes. Las dos últimas cruzadas, conducidas por Luis IX a Egipto en el año 1248 y a Túnez en el año 1270, partieron de Aigues-Mortes.

A partir de 1246 se empezaron a reunir equipos y víveres, pero Luis IX tuvo que dirigirse a Marsella, Venecia y Génova para completar su flota. Reunió mil ochocientos barcos en Chipre en 1249, de los que solamente treinta y ocho partieron de Aigues-Mortes con el rey. Apenas desembarcado en Egipto, Luis IX se apoderó de Damiette, pero su ejército fue vencido por Mansourah en abril de 1250 y fue apresado. Liberado, se quedó hasta 1254 en Palestina donde reconstruyó las murallas de las plazas francesas.

En el año 1270, los cruzados fueron convocados en el puerto de Aigues-Mortes para una nueva expedición, pero no existía ningún lugar para acogerlos. Entre ellos, estallaron las desavenencias y el rey, que permanecía en Saint-Gilles-du-Gard, se vio obligado a ir para restablecer la calma. Algunos, en el infortunio del combate, se lanzaron incluso a la piratería. El embarque tuvo lugar el 1 de julio de 1270 para Túnez, donde el rey enfermo, murió el 25 de agosto de ese mismo año.

El edicto de Nantes, promulgado por Enrique IV de Francia en 1598 y que reconocía la religión protestante en Francia, fue revocado en 1685 por Luis XIV. Llegó el tiempo de una durísima represión del protestantismo acentuada en Languedoc y en las Cevenas a principios del siglo XVIII por la guerra de los Camisardos. Desde 1686, al igual que otras torres de la ciudad, la torre de Constancia, se convirtió en prisión para los hugonotes que rehusaban convertirse al catolicismo.

En 1703, Abraham Mazel, jefe camisardo, pudo escaparse con dieciséis de sus compañeros arrancando una piedra de una saetera.

A partir de 1715, la torre se convirtió en prisión exclusivamente reservada a las mujeres. Estas mujeres del pueblo, con frecuencia originarias de las Cevenas fueron encerradas por haber asistido a una asamblea religiosa o simplemente por haber sido identificadas como hugonotas. Al ser muy difíciles sus condiciones de vida, varias abjuraron; otras fueron liberadas por escasas medidas de clemencia. Marie Durand, es la más célebre de estas presas, al estar un total de 38 años en prisión y serle atribuida la inscripción "register (resistid)" en la torre donde permaneció.

En agosto de 1893 fue el escenario de un enfrentamiento entre los trabajadores de Francia e Italia, todos los empleados en las salinas de Peccais, que pronto degeneró en un verdadero pogromo contra los italianos. El número final de víctimas no se ha determinado con certeza, se estima que oscila entre un mínimo de 9 muertos, según estimaciones oficiales reportados por la prensa francesa, a las 50 víctimas que mencionó el Times en Londres. Otras fuentes informan de un número mucho más alto.[1]​

La tensión que siguió hizo rozar la guerra entre los dos países.[2]​[3]​