En la época fenicia y griega, la costa fue muy visitada, habiéndose encontrado restos fenicios, fundándose Zilil (o Zilis, según otros autores) en el siglo II a. C. Fue posterior colonia cartaginesa, rebelándose contra Cartago, llegando a tener su propia moneda. Perdería importancia por el resurgir de Lixus. En el siglo I a. C. se asentaron los romanos, denominándola Colonia Augusti Iulia Constantia Zilil (Augusta Zilil).

Conquistada por los árabes en el 712, vuelve a resurgir con el nombre de Asila, siendo punto de encuentro de comerciantes del sur de España y regiones vecinas, conociendo actividades científicas y culturales con la aparición de sabios y escritores, es la época de los idrisíes.

En 1471 fue conquistada por los portugueses, que la fortificaron convirtiéndose en un centro comercial en la ruta del oro sahariano. Abandonada en 1550, fue reocupada por los portugueses en 1577, con vistas a la expedición del rey Sebastián I, quien desembarca con su ejército para la conquista del Sultanato saadí, siendo derrotado en Alcazarquivir (1578). Pasó a manos del rey Felipe II de España tras la unión con Portugal (1580), regresando a manos de los saadíes en 1592. La ciudad durante los siglos XV y XVI fue una fortaleza importante bien protegida por cañones de diferente calibre. Ocupada de nuevo por los españoles después de la muerte de Ahmad al-Mansur, fue tomada por Mulay Ismaíl en 1691.

Base de barcos piratas, fue bombardeada por la flota austriaca en 1829.[1]​

En 1860 durante la primera guerra de África fue bombardeada por la Armada española. En 1906 fue tomada por El Raisuni, quien se nombró a sí mismo pachá, instaurando un régimen de terror en su dominio de esta zona de la costa atlántica.

En 1912 pasó a formar parte del Protectorado Español de Marruecos y El Raisuni se mostró como un aliado de España, pero de escasa fiabilidad ante su criterio cambiante durante la guerra del Rif. De manera definitiva en 1922 El Raisuni, con su gran influencia sobre el territorio que dominaba, se sometió a las autoridades españolas por mediación de José Villalba Riquelme. En enero de 1925 Arcila fue atacada por Abd el-Krim. El Raisuni falleció poco después.[2]​En época española, y hasta la independencia de Marruecos en 1956, se estableció en Arcila el grupo de Fuerzas Regulares Indígenas Larache Nº4.