El origen del topónimo es Cap de Quers o Cap d'Aques[1]​ que se traduce por Cabo de rocas.

Tradicionalmente dedicado a la pesca, se conocen Ordenanzas de pesca[2]​ propias de Cadaqués desde el siglo XVI.

Fue ocupada por las tropas francesas en 1655, devuelta a la corona española en 1659, mediante el Tratado de los Pirineos.[3]​

En el siglo XIX fueron famosas las industrias de salazones que, aunque hoy en día no tienen la importancia que tuvieron en el pasado, suponen una parte de la economía local no dedicada al turismo, destacando entre sus productos las Anchoas de Cadaqués. El prolongado aislamiento del pueblo hizo que el catalán que allí se habla, aunque con las particularidades típicas de la zona, sea un caso único de diferenciación, con libros publicados expresamente para tratar esta peculiar habla.[4]​[5]​ También este aislamiento se convirtió en un factor de atracción para artistas y turistas. A principios del siglo XX comenzaron a llegar turistas que se fueron diseminando entre las diferentes zonas de más fácil acceso, mientras ignoraban sus parajes más recónditos y, como consecuencia, conservaron la virginidad urbanística. El cultivo de los olivos se abandonó con la helada de 1956, pero hoy en día múltiples olivares están siendo recuperados como parte de una economía sostenible, en el ámbito del parque natural del Cabo de Creus (que ocupa una parte importante del municipio) y como elemento de lucha contra los incendios, endémicos en esa zona.

Varias familias de Barcelona, Figueras, Gerona y otras ciudades cercanas veranean en Cadaqués desde hace muchos años, a partir de 1905.

A partir de 1958, Marcel Duchamp, el artista probablemente más influyente del siglo XX, fijó en Cadaqués su residencia veraniega. El pintor surrealista Salvador Dalí, cuya familia tenía en el pueblo la residencia veraniega, donde había estado de visita en su época de estudiante Federico García Lorca, volvió de Nueva York en 1948 y se instaló en Port Lligat una de las calas del término. También atrajo Cadaqués a celebridades tan destacadas como Eugenio D'Ors que escribió sobre sus estancias veraniegas[6]​ en el pueblo, Pablo Picasso, Marcel Duchamp, Joan Miró, Richard Hamilton, Albert Ràfols-Casamada. Cadaqués ha atraído a muchos otros pintores cuya lista sería muy extensa, como Antoni Pitxot, Rafael Durancamps, Ramón Aguilar Moré, Joan Ponç, Josep Roca-Sastre, Gustavo Carbó Berthold, Shigeyoshi Koyama , Maurice Boitel, Josep i Ramón Moscardó, Mauricio Sbarbaro o Joan-Josep Tharrats.