Surgió por la decisión que tomó en 1458 la comunidad del monasterio de Santa María de El Paular y se comenzó a construir en 1506 una vez que se fijó su emplazamiento, tras la cesión de unos terrenos por el Gran Capitán, Gonzalo Fernández de Córdoba. El emplazamiento actual no corresponde a los terrenos cedidos por el Gran Capitán por lo que éste se desentendió del proyecto.[1]​ En 1516 se reiniciaron las obras que durarían tres siglos sin llegar a acabar el proyecto inicial, y del que sólo se conserva parte, porque en 1842 fue destruido el claustro y las celdas de los monjes, y afectando a la casa prioral que fue destruida totalmente en 1943. Estuvo habitada hasta 1835 momento en el que los monjes fueron expulsados de la misma.[cita requerida] Su construcción duró desde el siglo XVI hasta el siglo XIX.