La duna se originó probablemente durante la última glaciación, aproximadamente 20 000 años antes del presente. En este periodo el nivel del mar se encontraba 100 metros más adentro, lo que expuso el borde costero a la erosión y sedimentación por acción del viento. Actualmente la duna ya no es alimentada por los vientos costeros, por lo que es de carácter relicto.[1]​

La duna se ha visto afectada por el crecimiento de Iquique. Antes de que se declarara santuario de la naturaleza, se otorgaron permisos de construcción en su ladera oeste. Esto ocasionó la remoción de grandes volúmenes de arena para generar espacio para construir.[1]​