Fue mandada edificar por Felipe II a finales de 1592 tras los graves desórdenes acaecidos con la huida de Antonio Pérez[1]​ y como parte de la línea defensiva frente a Francia de la que también formaban parte el Fuerte de Santa Elena, en Biescas, y la Ciudadela de Pamplona. Se encomendó su construcción al ingeniero italiano Tiburzio Spannocchi.

Como se ha indicado, la ciudadela se levantó con el objeto de controlar los pasos fronterizos con el reino de Francia y de contener las incursiones armadas de los hugonotes. En cierta medida, estos objetivos los cumplió ya que fueron contados e irrelevantes los incidentes bélicos registrados desde el siglo XVI hasta el XVIII.

En la guerra de Sucesión, la ciudadela y, por consiguiente, Jaca, apoyaron al bando de los borbones. Por este motivo el rey Felipe V concedió a la ciudad los títulos de “Fidelísima” y “Vencedora” [2]​.

Durante la guerra de la Independencia Española la guarnición se rindió al general Suchet el 21 de marzo de 1809 y permaneció en poder de las tropas napoleónicas hasta el 18 de febrero de 1814, cuando fue recuperada por Francisco Espoz y Mina.

En las guerras carlistas la ciudadela permaneció bajo control del gobierno nacional.

Durante la Guerra Civil, la planta baja fue utilizada por el bando sublevado como campo de concentración de prisioneros republicanos,[3]​ inicialmente operativo en el cuartel de la Victoria. Tenía capacidad para 120 internos, pero llegó a triplicar esa cantidad. El "campo estable" de Jaca funcionó entre noviembre de 1937 y el 21 de mayo de 1939, ya finalizada la contienda. Las condiciones de internamiento eran penosas; el gobernador militar de Huesca informó de que sus soldados podrían contagiarse o ver mermada su moral «si se tiene en cuenta la falta de higiene existente por la miseria que llevan los concentrados». En febrero de 1944 fue reabierto para recluir a exiliados españoles que regresaban de Francia, confiados en las promesas del dictador Franco de que no serían represaliados.[4]​