En 1400, la Akademia krakowska, el antecedente de la actual universidad, se trasladó, después de varias décadas ya en funcionamiento, a un nuevo edificio cedido por el entonces rey Ladislao II Jagiełło lo había comprado con los fondos legados por su última esposa, la reina Eduviges I de Polonia.

A finales del siglo XV, los locales de la Universidad Jagellónica fueron reconstruidos en estilo de la arquitectura gótica tardía, en torno a un gran patio rodeado de arcadas. Los maestros vivían y trabajaban en la primera planta, mientras que las conferencias y cursos se desarrollaban en la planta baja.

En 1490, la universidad contó entre sus alumnos con un famoso hombre del Renacimiento: Nicolás Copérnico, astrónomo y polímata.

El Collegium Maius tiene importantes archivos históricos, así como una destacada biblioteca. En sus locales se exponen objetos históricos, como escudos de armas ceremoniales y el famoso Globus Jagellonicus, uno de los globos más antiguos del mundo.