Estuvo habitada por aborígenes hasta hace unos 7000 años, cuando la subida del nivel del mar la separó del resto de Australia. El 29 de diciembre de 1696 desembarcó en la isla el capitán neerlandés Willem de Vlamingh que la exploró durante 6 días y le dio el nombre de 't Eylandt 't Rottenest, que literalmente significa nido de ratas, al confundir los quokkas con ratas gigantes. En aquel momento la isla estaba deshabitada y la población aborigen carecía de botes por lo que probablemente el territorio había permanecido sin población durante varios miles de años.[1]​ Entre 1838 y 1931 fue utilizada como prisión para reclusos aborígenes.

 Entre 1838 y 1931, los prisioneros aborígenes recluidos en la Isla de Rottnest, Australia, fueron recluidos en condiciones deplorables y sometidos a un trato cruel e inhumano.↑ Appleyard, R.T. and Manford, Toby (1979). The Beginning: European Discovery and Early Settlement of Swan River, Western Australia, University of Western Australia Press. ISBN 0-85564-146-0.