La cervecería fue fundada en 1839 por ciudadanos locales tanto de habla checa como alemana en la ciudad Bohemia de Pilsen (en checo: Plzeň) con el nombre de Bürgerbrauerei (cervecería de los ciudadanos, más tarde traducida al checo como Měšťanský pivovar). La primera cerveza fue elaborada aquí en 1842 por el cervecero bávaro Josef Groll. En 1859, la denominación «Pilsner Bier»[1]​ es registrada como marca en la Cámara de Comercio local. En 1869, una empresa competidora fue fundada como empresa de capital mixto, más tarde conocido como Gambrinus. En 1898 se creó la marca Urquell (Prazdroj) para subrayar la pretensión de ser la fuente original primigenia de la cerveza Pilsner. En 1918, cuando el Imperio Austriaco dejó de existir, los Checos tomaron el control, y pronto comenzó a cambiar el nombre de las ciudades, las empresas y los productos por igual a darles checa-los nombres de idiomas. En 1946, los comunistas tomaron el poder, nacionalizando las restantes dos fábricas de cerveza, Měšťansky pivovar (la cervecería de los Ciudadanos), y Plzeňské akciové pivovary (PAP, empresa matriz), fusionando ambas en Plzeňské pivovary (fábricas de cerveza Pilsen).

Después de la caída del comunismo a finales de 1989, la fábrica de cerveza se convirtió en empresa pública de acciones, luego cambió de nombre en 1994 tomando el nombre en checo de su famosa cerveza, Plzeňský Prazdroj. En 1999, se comenzó la fusión de Pivovar Radegast a.s. y Pivovar Velké Popovice a. s..

Desde 1999, la fábrica de cerveza ha sido parte del conglomerado SABMiller (en aquel momento South African Breweries).[2]​ Ha sido el mayor exportador de cerveza producida en la República Checa desde el año 2000, cuando la producción superó la de Budejovicky Budvar.[3]​