La civilización de pueblo bonito floreció entre los años 800 a 1200, esta civilización fue un importante centro comercial de turquesas, siendo la cultura tolteca su principal aliado en Mesoamérica para la comercialización de dicha gema, extendiéndose después en todo México y Centroamérica.[1]​[2]​

Las turquesas eran intercambiadas por guacamayas, campanas de cobre y otras artesanías, de los miles de cerámicas y piezas encontradas en excavaciones se pueden notar en su mayoría piezas de origen (indígena) Mexicano,[3]​ pronto al hacerse la turquesa tan común esta cultura comenzó a menguar en sus exportaciones, llegando casi a la extinción, dedicándose estos primero pobladores de América a otras actividades y emigrando a otros lugares de Nevada y Nuevo México, la cultura Anasazi fue principalmente cosechadora de maíz; El comercio de estas piedras preciosas a pesar de haber desaparecido en la memoria de los pueblos mexicanos, si quedarían leyendas que en parte contribuirían al llegar los españoles con las leyendas de "las siete ciudades doradas", motivándolos a buscar esas ciudades llenas de oro más al norte.[4]​[5]​[6]​

Sería un grupo de exploradores españoles, del cual no se tienen nombres los primeros en redescubrir este gran edificio de más de 800 habitaciones, quienes llevarían las noticias. Más tarde los primeros exploradores de nuevo México en busca de las siete ciudades de oro serían Fray Marcos de Niza, Álvar Núñez Cabeza de Vaca, Esteban el Moro, y Francisco Vázquez de Coronado, que buscarían incesantemente las míticas ciudades encontrando dos de ellas Cíbola y Quivira pero sin oro alguno.

Sería hasta 1774 en que Don Bernardo de Miera y Pacheco identificaran el Cañón del Chaco poniendo la palabra "Chaca" en un mapa, la cual fue una transliteración al castellano para una palabra de origen navajo, para "Chacra Mesa" y "Chaco".[7]​ [8]​[9]​

En 1849 el teniente del U.S. army James H. Simpson acompañado de un guía del Pueblo de San Juan (San Juan Pueblo) de apellido Carravahal (Carbajal), en una expedición militar llegaron al Cañón del Chaco, los cuales examinaron 8 ruinas entre ellas las de Pueblo Bonito, siendo estos los nombres que Carbajal dio en español como eran conocidos esos pueblos, en su reporte militar dio una breve descripción del Cañón chaco, con dibujos de R. H. Kern. Richard Wetherill, George H. un estudiante de historia natural, comenzaron las excavaciones de Pueblo Bonito en 1896 las cuales terminaron en 1900. Estas excavaciones fueron financiadas por B. Talbot Hyde y Frederick E. Hyde, Jr. de la ciudad de New York, quienes eran filántropos y coleccionistas.

En estas primeras excavaciones dos hombres encontraron 190 cuartos del total de 800, los cuales fotografiaron e hicieron un mapeo de las estructuras mayores del cañón (otras poblaciones), los artefactos encontrados fueron puestos a disposición del American Museum of Natural History. Después de estas excavaciones, Richard Wetherill buscó tener control del cañón para sus propias ganancias personales, incluyendo además de Pueblo Bonito, a Chetro Ketl y Pueblo Del Arroyo.

Él buscó unas leyes de protección para sí mismo sobre las ruinas, las cuales fueron invalidadas por la General Land Office en 1904 fue así como el gobierno federal estadounidense toma posesión formal de esas tierras, pidiéndole a Wetherill que parara con toda excavación hasta esa fecha, el cual continuo corriendo un establecimiento comercial hasta su muerte en 1910.[10]​