Según la Cassells Bible, en Qeshm se encontraría el Jardín del Edén.

Históricamente, Qeshm se remonta a la era preislámica. Los nombres de Qeshm, Keshm, Kish y Tunb marcan la larga estancia de los ilámidas en la zona siglos antes del nacimiento de Cristo. Es, aparentemente, la isla llamada Alejandría o Aracia por Ptolomeo (Libro 6, capítulo IV), en el siglo II y como Alejandría por Amiano Marcelino (xxiii.6.42) en el siglo IV. Debido a su posición geopolíticamente estratégica, cerca de la entrada al golfo Pérsico, ha sido frecuentemente atacada por invasores, entre ellos ilámidas (elamitas), omeyas, abasíes así como los portugueses y los británicos, cuyos estragos aún son evidentes. Según los documentos históricos, Qeshm ha sido famosa como un centro de comercio y navegación. Su economía floreció durante las épocas yamileh y búyida, pues barcos mercantes navegaban entre ella y China, India y África.

La posición de la isla por los portugueses, fue el centro comercial más grande del reino, a partir de finales del mes de septiembre de 1552, el almirante turco Piri Reis la atacó, por su gran interés de obtener la cantidad de mercancías, como el oro, la plata y monedas, que era el premio mayor que se puede encontrar en todo el mundo.

El explorador William Baffin fue mortalmente herido en Qeshm en 1622 durante una batalla contra las fuerzas portuguesas, en la que la isla fue ocupada por una coalición anglo-persa.[1]​

La posición persa en la isla de Qeshm era débil, por esa razón, en 1625 Abás el Grande decidió entregar a los portugueses el puerto de Kong (Provincia de Hormozgán),[2]​ floreciendo de nuevo el comercio portugués en la zona. En 1640 el inicio de la guerra de Restauración portuguesa, supuso el debilitamiento de la posición de Portugal. En 1645 los neerlandeses ocuparon la isla que intercambiaron con el Sah Abbás II por la de Jark.[3]​

La isla sería conquistada por los británicos en 1820, que la mantuvieron en su poder hasta su devolución a Irán en 1935.[4]​

El 3 de julio de 1988, un Airbus A300 de Iran Air (Vuelo 655 de Iran Air) fue derribado por el crucero lanzamisiles USS Vincennes (CG-49), justo al sur de la isla, y dio como resultado la muerte de 290 civiles. Los restos cayeron a 2,5 kilómetros de la costa meridional de Qeshm.

En los años 1990 fue creada la zona de libre comercio de Qeshm (Qeshm Free Zone, véase Economía para desarrollarlo como un centro del comercio internacional. El terremoto del 27 de noviembre de 2005, cuyo epicentro estuvo alrededor de 1500 km al sur de Teherán, cerca del golfo Pérsico, afectó tanto a la isla de Qeshm como a la ciudad de Bandar Abbas.